PDB-2e55: Structure of AQ2163 protein from Aquifex aeolicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2.0E+55

タイトル

Structure of AQ2163 protein from Aquifex aeolicus

要素

Uracil phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / uracil phosphoribosyl transferase / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / nucleoside metabolic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Lokanath, N.K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of AQ2163 protein from Aquifex aeolicus
著者: Lokanath, N.K. / Kamiya, N. / Pampa, K.J. / Kunishima, N.

履歴

登録	2006年12月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e55.cif.gz	178.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e55.ent.gz	142.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e55.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e55_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e55_full_validation.pdf.gz	488.9 KB	表示
XML形式データ	2e55_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	2e55_validation.cif.gz	51.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/2e55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/2e55	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1v9sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3q7f-d 3q75-d 3q73-d 2ehj-d 1o5o-d 5e38-d 3q78-d 6rmc-1 6wn8-1 3sfy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: aae001002163.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Uracil phosphoribosyltransferase

B: Uracil phosphoribosyltransferase

C: Uracil phosphoribosyltransferase

D: Uracil phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

94.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.390, 70.670, 90.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uracil phosphoribosyltransferase / UMP pyrophosphorylase / UPRTase 分子量: 23567.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: O67914, uracil phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.01 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 32% PEG 4K, 0.1M LiSO4, 0.13M Tris-hydrochloride, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月4日 / 詳細: GRAPHITE
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 39631 / Num. obs: 37617 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 32.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1V9S

1v9s

解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 12.342 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.408 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	2003	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21	-	-	-
obs	0.21	37609	93.81 %	-
all	-	39631	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.339 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.16 Å²	0 Å²	0.46 Å²
2-	-	0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6644	0	20	357	7021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	6772
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.29	2.001	9136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.936	5	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.063	24.085	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.777	15	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.232	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.253	0.2	3601
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.335	0.2	4646
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.26	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.191	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.834	1.5	4249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.382	2	6696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.396	3	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.773	4.5	2440

LS精密化シェル

解像度: 2.165→2.221 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.232	95
R_work	0.259	1841

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.648	0.167	-0.0888	0.627	0.1313	0.9359	0.0379	-0.0313	-0.0995	0.0199	-0.0089	0.0228	0.2355	-0.1815	-0.029	0.0221	-0.0909	-0.0164	-0.0379	0.0192	-0.0322	34.2735	0.0451	22.6728
2	0.4896	0.1686	0.3283	0.7396	-0.0761	1.0356	0.043	0.0078	-0.0976	-0.0064	0.0184	-0.1957	0.1884	0.103	-0.0614	-0.039	0.0437	-0.015	-0.0414	-0.0021	0.0195	60.0135	4.8563	19.705
3	0.5616	-0.0996	0.2025	0.7228	-0.0513	1.1189	0.0039	-0.007	0.0479	-0.003	0.0002	-0.082	-0.1803	0.0834	-0.004	-0.0291	-0.0512	-0.007	-0.0403	0.0117	-0.0315	54.8155	32.3456	20.0956
4	0.4041	0.4854	0.1864	0.9209	0.1931	1.1913	0.0469	-0.1024	0.1298	0.065	-0.1	0.2268	-0.1104	-0.238	0.053	-0.0844	0.0236	0.0252	0.0236	-0.051	0.0008	29.9537	27.4029	27.4992

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 208	1 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 208	1 - 208
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 208	1 - 208
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 208	1 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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