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- PDB-2e4t: Crystal structure of Cel44A, GH family 44 endoglucanase from Clos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e4t
タイトルCrystal structure of Cel44A, GH family 44 endoglucanase from Clostridium thermocellum
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / TIM-like barrel / Composite domain of glycosyl hydrolase families 5 / 30 / 39 and 51
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate binding domain 30 / Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / PKD domain / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. ...: / Carbohydrate binding domain 30 / Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Cellulase N-terminal ig-like domain / Cellulase, Ig-like domain / PKD domain / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 0.96 Å
データ登録者Kitago, Y. / Karita, S. / Watanabe, N. / Sakka, K. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of Cel44A, a glycoside hydrolase family 44 endoglucanase from Clostridium thermocellum.
著者: Kitago, Y. / Karita, S. / Watanabe, N. / Kamiya, M. / Aizawa, T. / Sakka, K. / Tanaka, I.
履歴
登録2006年12月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1988
ポリマ－57,6891
非ポリマー5097
水10,341574
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.077, 59.155, 170.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endoglucanase / xyloglucanase


分子量: 57688.516 Da / 分子数: 1 / 断片: Cel44A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: F1 / 遺伝子: celJ / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P71140, cellulase, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase

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非ポリマー , 5種, 581分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 574 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 14% PEG 3350, 0.1M MES-NaOH pH 5.8, 6mM ZnSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.0000, 1.2824, 0.9800
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.28241
30.981
反射解像度: 0.96→50 Å / Num. all: 295816 / Num. obs: 292562 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 6.373 Å2 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 0.96→0.99 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique all: 26836 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
PFnativeデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 0.96→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.408 / SU ML: 0.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.019 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The position of the CB atom of Thr426 must be correct in the electron density map. And The author beleives that the 2fo-fc electron density ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The position of the CB atom of Thr426 must be correct in the electron density map. And The author beleives that the 2fo-fc electron density map and the model fit well with each other and reliable because of the resolution 0.96A and the free R value.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14606 14789 5.1 %RANDOM
Rwork0.13264 ---
obs0.13332 277615 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.397 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.1999 Å0.1969 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.0567 Å0.0388 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.96→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4012 0 27 574 4613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7881.9535779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1665508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.12124.856208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.87815731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.821517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2250.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.023279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.22024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.22961
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0640.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1380.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0750.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0320.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4521.52564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03224115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.90731928
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8594.51644
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.51434492
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.9993577
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.84334121
LS精密化 シェル解像度: 0.96→0.985 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 1027 -
Rwork0.272 18219 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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