PDB-2e4f: Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of G-Protein-Gated In...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e4f

タイトル

Crystal Structure of the Cytoplasmic Domain of G-Protein-Gated Inward Rectifier Potassium Channel Kir3.2

要素

G protein-activated inward rectifier potassium channel 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / cytoplasmic assembly / ion channel / beta-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

G-protein activated inward rectifier potassium channel activity / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / parallel fiber to Purkinje cell synapse / monoatomic ion channel complex / neuronal cell body membrane / potassium channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.302 Å

データ登録者

Inanobe, A. / Kurachi, Y.

引用

ジャーナル: CHANNELS / 年: 2007
タイトル: Structural Diversity in the Cytoplasmic Region of G Protein-Gated Inward Rectifier K+ Channels
著者: Inanobe, A. / Matsuura, T. / Nakagawa, A. / Kurachi, Y.

履歴

登録	2006年12月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年8月16日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

Remark 999

SEQUENCE THR A 260 is from ISOFORM GIRK2D, MET 313 and LEU 344 are from VARIANT.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e4f.cif.gz	53.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e4f.ent.gz	37.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e4f_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e4f_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	2e4f_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	2e4f_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/2e4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/2e4f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n9pS 1p7b 1u4e 1u4f S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1u4e-1 3vsq-1 3ata-1 3at8-1 3atf-1 3agw-1 3at9-1 3atd-1 3ate-1 3auw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: G protein-activated inward rectifier potassium channel 2

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: G protein-activated inward rectifier potassium channel 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.173, 77.173, 87.307
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

詳細

tetramer individual symmetry operations for each subunit are following: X,Y.Z -X,1-Y,Z -1/2+Y,1/2-X,Z 1/2-Y,1/2+X,Z

#1: タンパク質	G protein-activated inward rectifier potassium channel 2 / GIRK2 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 6 / Inward rectifier K+ / channel Kir3.2 分子量: 23734.961 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 53-74, 200-381 / 由来タイプ: 組換発現詳細: An amino terminus (amino residues: 53-74) of longst isoform of mouse Kir3.2 (Kir3.2c) was directly concatenated to a carboxyl terminus (amino residues: 200-381) and subcloned into NdeI and XhoI sites of pET28A. 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnj6 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta2 (DE3) / 参照: UniProt: P48542
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

G protein-activated inward rectifier potassium channel 2 / GIRK2 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 6 / Inward rectifier K+ / channel Kir3.2

分子量: 23734.961 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 53-74, 200-381 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: An amino terminus (amino residues: 53-74) of longst isoform of mouse Kir3.2 (Kir3.2c) was directly concatenated to a carboxyl terminus (amino residues: 200-381) and subcloned into NdeI and XhoI sites of pET28A.
由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnj6 / プラスミド: PET28A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta2 (DE3) / 参照: UniProt: P48542

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.07 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M MgCl2, 30%(v/v) iso-propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月6日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.302→46.274 Å / Num. all: 12226 / Num. obs: 12201 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.021 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.302→2.38 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 4.93 / Num. unique all: 1181 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N9P

1n9p

解像度: 2.302→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2789	1190	-	RANDOM
R_work	0.2438	-	-	-
all	-	12081	-	-
obs	-	11612	96.1 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.253 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.253 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.507 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.302→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1485	0	0	109	1594

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.45
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.912
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.254

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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