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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2.0E+41 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Biotin Protein Ligase From Pyrococcus Horikoshii Complexed with the Reaction Product Analog Biotinol-5'-AMP, Mutations R48A and K111A | ||||||
要素 | biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase | ||||||
キーワード | LIGASE / Biotin Biosynthesis / Dimer / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / protein modification process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Bagautdinov, B. / Matsuura, Y. / Bagautdinova, S. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Protein biotinylation visualized by a complex structure of biotin protein ligase with a substrate 著者: Bagautdinov, B. / Matsuura, Y. / Bagautdinova, S. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2e41.cif.gz | 116.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2e41.ent.gz | 88.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2e41.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2e41_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2e41_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2e41_validation.xml.gz | 26 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2e41_validation.cif.gz | 38.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/2e41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/2e41 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1x01C 2d5dC 2dxuC 2dzcC 2e64C 2ejfC 2ejgC 2evbC 2zgwC 1wqwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25959.305 Da / 分子数: 2 / 変異: R48A, K111A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: bpl / プラスミド: pET 11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)RIL 参照: UniProt: O57883, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.2 詳細: PEG20K, Acetate, NaOH, biotinol-5'-AMP, pH 5.2, microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→41.41 Å / Num. all: 44656 / Num. obs: 42972 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3565 / Rsym value: 0.275 / % possible all: 84.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1wqw 解像度: 1.75→37.47 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.64 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→37.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
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