PDB-2e2e: TPR domain of NrfG mediates the complex formation between heme ly...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e2e

タイトル

TPR domain of NrfG mediates the complex formation between heme lyase and formate-dependent nitrite reductase in Escherichia Coli O157:H7

要素

Formate-dependent nitrite reductase complex nrfG subunit

キーワード

LYASE / TPR / cytochrome c biogenesis / O157:H7 EDL933 / NrfG / formate-dependent nitrite reductase complex

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Han, D. / Kim, K. / Oh, J. / Park, J. / Kim, Y.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: TPR domain of NrfG mediates complex formation between heme lyase and formate-dependent nitrite reductase in Escherichia coli O157:H7.
著者: Han, D. / Kim, K. / Oh, J. / Park, J. / Kim, Y.

履歴

登録	2006年11月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e2e.cif.gz	84.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e2e.ent.gz	64.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e2e_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e2e_full_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示
XML形式データ	2e2e_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	2e2e_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/2e2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/2e2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6csn-1 3mwb-d 6csm-2 6cso-1 5ms5-d 5zxd-2 3k3c-2 7e6y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (4)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
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人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Formate-dependent nitrite reductase complex nrfG subunit

B: Formate-dependent nitrite reductase complex nrfG subunit

ヘテロ分子

41.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.802, 85.824, 49.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 31 - 206 / Label seq-ID: 2 - 177

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
3	2	A	A
4	2	B	B

#1: タンパク質	Formate-dependent nitrite reductase complex nrfG subunit 分子量: 20623.137 Da / 分子数: 2 / 断片: Tetratricopeptide repeat motif / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157 : H7 EDL933 / 遺伝子: nrfG / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(de3)codonplus Ril / 参照: UniProt: Q8X5S3
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1
1,2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	PAL/PLS	4A	1	0.97950, 0.97956, 0.97171
シンクロトロン	PAL/PLS	6B	2

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2005年5月13日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2005年5月13日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.97956	1
3	0.97171	1

反射

解像度: 2.05→45 Å / Num. obs: 22119 / % possible obs: 98.65 %

反射シェル

解像度: 2.05→2.1 Å / % possible all: 95.65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.05→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 11.697 / SU ML: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	2450	10 %	RANDOM
R_work	0.23126	-	-	-
obs	0.23499	22119	98.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.528 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.07 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-1.97 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2812	0	18	190	3020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.929	3898
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.395	5	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.864	24.512	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.199	15	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.86	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.211	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.746	1.5	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.204	2	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.071	3	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.141	4.5	1184

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2812 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
tight positional	0.01	0.05
tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	155	-
R_work	0.252	1603	-
obs	-	-	95.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9209	2.4958	0.705	3.9242	0.8221	2.4389	-0.1353	0.182	0.245	-0.3554	0.2084	0.1566	0.3885	0.0833	-0.0731	-0.1026	0.0256	-0.0301	-0.0945	0.0371	-0.0596	11.6222	22.5293	30.0725
2	1.7931	2.3825	-0.6854	3.7857	-0.841	2.4967	-0.1641	0.1929	-0.2498	-0.3655	0.2294	-0.1502	-0.3859	-0.0817	-0.0653	-0.1096	0.0198	0.0363	-0.0959	-0.0352	-0.0523	12.2948	4.9709	5.5416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	31 - 50	2 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	56 - 206	27 - 177
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	31 - 50	2 - 21
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	56 - 206	27 - 177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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