PDB-2e1n: Crystal structure of the Cyanobacterium circadian clock modifier Pex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e1n

タイトル

Crystal structure of the Cyanobacterium circadian clock modifier Pex

要素

Pex

キーワード

CIRCADIAN CLOCK PROTEIN / circadian clock / DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Arita, K. / Shimizu, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Cyanobacterium Circadian Clock-modifier Protein
著者: Arita, K. / Hashimoto, H. / Igari, K. / Akaboshi, M. / Kutsuna, S. / Sato, M. / Shimizu, T.

履歴

登録	2006年10月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e1n.cif.gz	63.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e1n.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e1n_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e1n_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	2e1n_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	2e1n_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/2e1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/2e1n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2zfw-2 6q3z-d 6ics-d 2r50-1 6j6e-d 2x83-1 2v9a-d 6qe7-1 2ol8-d 6hlw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pex

B: Pex

ヘテロ分子

32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.153, 61.539, 75.676
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The structures (Chain A and B) of in the asymmetric unit are biological unit. for a homodimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Pex / period extender 分子量: 16174.178 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 16-148 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア) 生物種: Synechococcus elongatus / 株: Pcc 7942 / 遺伝子: pex / プラスミド: pGEX6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O66226, UniProt: Q31QG0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.5-1.0M Li2SO4, 0.1M sodium acetate buffer (pH 3.8~4.6), 50mM magnesium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A	1	0.97931, 0.97820, 0.96408, 0.98319
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2006年1月25日	undulator
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2006年1月25日	undulator

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97931	1
2	0.9782	1
3	0.96408	1
4	0.98319	1
5	1	1

反射

解像度: 1.8→32.2 Å / Num. all: 24920 / Num. obs: 24505 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_sym value: 0.058

反射シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.424 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→32.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.32 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	1269	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19602	-	-	-
all	0.2356	24920	-	-
obs	0.19789	23649	98.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.343 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1898	0	10	144	2052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.956	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.871	3	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.084	5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.66	22.857	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.876	15	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.157	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.208	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.321	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.18	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.916	1.5	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.258	1.5	440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.835	2	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.742	3	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.733	4.5	868
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	75	-
R_work	0.231	1408	-
obs	-	-	81.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8016	1.7553	0.7901	1.9063	0.7609	1.642	0.1293	-0.0687	-0.1914	0.1376	-0.0132	-0.1803	0.1032	0.0591	-0.1162	-0.0642	0.0128	-0.0115	-0.0258	0.0012	-0.0156	-0.2427	-8.0128	27.9427
2	1.9704	1.5495	1.2678	1.4252	1.1355	1.7727	-0.1114	0.1291	-0.0963	-0.0467	0.1182	-0.0616	-0.0415	0.0999	-0.0069	-0.0286	0.0014	-0.0027	-0.0437	-0.0028	-0.0392	21.8265	16.0871	28.8877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	23 - 132	13 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	23 - 134	13 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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