ソフトウェア | 名称 | 分類 |
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SHELX | モデル構築 | SHELXL-97 | 精密化 | CBASS | データ収集 | HKL-2000 | データ削減 | HKL-2000 | データスケーリング | CNS | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 355D(NDB entry: bdl084) 解像度: 1.13→5.5 Å / Num. parameters: 5106 / Num. restraintsaints: 5941 Isotropic thermal model: anisotropic: DNA and NO5, isotropic: AH78, AH79 and solvent 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 立体化学のターゲット値: Gelbin, A., Schneider, B., Clowney, L., Hsieh, S.-H., Olson, W.K., and Berman, H.M. (1996). Geometric parameters in nucleic acids: sugar and phosphate constituents. ...立体化学のターゲット値: Gelbin, A., Schneider, B., Clowney, L., Hsieh, S.-H., Olson, W.K., and Berman, H.M. (1996). Geometric parameters in nucleic acids: sugar and phosphate constituents. J. Am. Chem. Soc. 118(3), 519-528. 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF)
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2321 | 2112 | - | RANDOM |
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Rwork | 0.1818 | - | - | - |
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all | 0.1879 | 20317 | - | - |
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obs | - | 18995 | 81.9 % | - |
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 647.55 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→5.5 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 486 | 50 | 125 | 661 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | s_bond_d0.012 | X-RAY DIFFRACTION | s_angle_d0.022 | X-RAY DIFFRACTION | s_similar_dist0 | X-RAY DIFFRACTION | s_from_restr_planes0.0014 | X-RAY DIFFRACTION | s_zero_chiral_vol0 | X-RAY DIFFRACTION | s_non_zero_chiral_vol0 | X-RAY DIFFRACTION | s_anti_bump_dis_restr0.013 | X-RAY DIFFRACTION | s_rigid_bond_adp_cmpnt0.004 | X-RAY DIFFRACTION | s_similar_adp_cmpnt0.042 | X-RAY DIFFRACTION | s_approx_iso_adps0 | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 1.13 Å / | Rfactor | 反射数 |
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Rfree | 0.2321 | 2112 |
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Rwork | 0.1818 | - |
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obs | - | 18995 |
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