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万見
- PDB-2dxb: Recombinant thiocyanate hydrolase comprising partially-modified c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dxb
タイトルRecombinant thiocyanate hydrolase comprising partially-modified cobalt centers
要素(Thiocyanate hydrolase subunit ...) x 3
キーワードHYDROLASE / cobalt / metalloprotein / sulfenic acid / sulfinic acid / nitrile hydratase / thiocyanate / carbonyl sulfide / claw setting / protein / enzyme / complex / model complex / non-corrin / post-translational modification / sulfenate / sulfinate
機能・相同性
機能・相同性情報


thiocyanate hydrolase / thiocyanate hydrolase activity / thiocyanate catabolic process / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiocyanate hydrolase, gamma subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit ...Thiocyanate hydrolase, gamma subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT (III) ION / PHOSPHATE ION / Thiocyanate hydrolase subunit beta / Thiocyanate hydrolase subunit alpha / Thiocyanate hydrolase subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Thiobacillus thioparus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Arakawa, T. / Kawano, Y. / Katayama, Y. / Yohda, M. / Odaka, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for Catalytic Activation of Thiocyanate Hydrolase Involving Metal-Ligated Cysteine Modification
著者: Arakawa, T. / Kawano, Y. / Katayama, Y. / Nakayama, H. / Dohmae, N. / Yohda, M. / Odaka, M.
履歴
登録2006年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
B: Thiocyanate hydrolase subunit beta
C: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
D: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
E: Thiocyanate hydrolase subunit beta
F: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
G: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
H: Thiocyanate hydrolase subunit beta
I: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
J: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
K: Thiocyanate hydrolase subunit beta
L: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
M: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
N: Thiocyanate hydrolase subunit beta
O: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
P: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
Q: Thiocyanate hydrolase subunit beta
R: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
S: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
T: Thiocyanate hydrolase subunit beta
U: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
V: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
W: Thiocyanate hydrolase subunit beta
X: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,76840
ポリマ－481,53724
非ポリマー1,23116
水52,9822941
1
A: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
B: Thiocyanate hydrolase subunit beta
C: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
D: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
E: Thiocyanate hydrolase subunit beta
F: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
G: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
H: Thiocyanate hydrolase subunit beta
I: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
J: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
K: Thiocyanate hydrolase subunit beta
L: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,38420
ポリマ－240,76912
非ポリマー6168
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area74060 Å2
ΔGint-434 kcal/mol
Surface area62190 Å2
手法PISA, PQS
2
M: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
N: Thiocyanate hydrolase subunit beta
O: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
P: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
Q: Thiocyanate hydrolase subunit beta
R: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
S: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
T: Thiocyanate hydrolase subunit beta
U: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
V: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
W: Thiocyanate hydrolase subunit beta
X: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,38420
ポリマ－240,76912
非ポリマー6168
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area73910 Å2
ΔGint-433 kcal/mol
Surface area62340 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)114.874, 245.141, 244.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A DODECAMER (CHAIN A-L AND M-X OF THIS RECORD) AND FOUR EQUIVALENT CATALYTIC CENTERS ARE CONTAINED IN A MOLECULE

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要素

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Thiocyanate hydrolase subunit ... , 3種, 24分子 ADGJMPSVBEHKNQTWCFILORUX

#1: タンパク質
Thiocyanate hydrolase subunit alpha / SCNase alpha subunit


分子量: 14507.152 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア)
株: THI115 / プラスミド: pET32a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66187, thiocyanate hydrolase
#2: タンパク質
Thiocyanate hydrolase subunit beta / SCNase beta subunit


分子量: 18065.549 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア)
株: THI115 / プラスミド: pET32a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66186, thiocyanate hydrolase
#3: タンパク質
Thiocyanate hydrolase subunit gamma / SCNase gamma subunit containing cobalt centers


分子量: 27619.430 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア)
株: THI115 / プラスミド: pET32a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66188, thiocyanate hydrolase

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非ポリマー , 3種, 2957分子

#4: 化合物
ChemComp-3CO / COBALT (III) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.5M Na/K Tartrate, 0.1M Potassium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月10日
放射モノクロメーター: Diamond crystals; First crystal is in Laue setting, and second one is in Bragg setting
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 324000 / Num. obs: 322968 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 11.3 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 0.085
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rsym value: 0.208 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DD5

2dd5


解像度: 2.25→49.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 327805.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 31794 10 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.171 316929 97.6 %-
all-324000 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.419 Å2 / ksol: 0.393681 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.22 Å20 Å20 Å2
2--4.39 Å20 Å2
3---1.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31402 0 48 2941 34391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.92.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 5076 10.2 %
Rwork0.181 44591 -
obs--92.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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