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万見
- PDB-2dx8: Crystal Structure Analysis of the PHD domain of the Transcription... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dx8
タイトルCrystal Structure Analysis of the PHD domain of the Transcription Coactivator Pygophus
要素Pygopus homolog 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / PHD finger / BCL9/Lgs interactor / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


spermatid nucleus differentiation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / spermatid development / protein localization to nucleus / canonical Wnt signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / : / kidney development / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger ...: / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of the PHD Domain of the Transcription Coactivator Pygopus
著者: Nakamura, Y. / Umehara, T. / Hamana, H. / Hayashizaki, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Tanaka, A. / Padmanabhan, B. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pygopus homolog 1
B: Pygopus homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7346
ポリマ－14,4722
非ポリマー2624
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area7750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.079, 60.079, 95.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Pygopus homolog 1


分子量: 7235.990 Da / 分子数: 2 / 断片: PHD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell-free / プラスミド: pCR2.1-TOPO / 参照: UniProt: Q9D0P5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.2M Na Citrate, 0.2M LiSO4, 0.1mM ZnCl2, 50mM Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1.286, 1.2826
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2861
21.28261
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 5038 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Num. unique all: 413 / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.073 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.57 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25495 235 4.7 %RANDOM
Rwork0.1965 ---
obs0.19924 4772 96.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.34 Å20 Å20 Å2
2--2.34 Å20 Å2
3----4.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数900 0 4 67 971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.021918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9691.9241252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3495118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.3312640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.17115136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg41.322152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2890.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3320.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4120.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6290.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4161.5612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.452954
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6663365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3424.5298
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 14 -
Rwork0.341 276 -
obs-276 79.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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