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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2du7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Methanococcus jannacshii O-phosphoseryl-tRNA synthetase | ||||||
![]() | O-phosphoseryl-tRNA synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / alpha4 tetramer / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() O-phospho-L-serine-tRNA ligase / phosphoserine-tRNA(Cys) ligase activity / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fukunaga, R. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the first step of RNA-dependent cysteine biosynthesis in archaea. 著者: Fukunaga, R. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 388.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 322.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 597.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 87.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 114.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63527.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET26b / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q59054, 合成酵素; C-O結合を形成; アミノアシルtRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 11.25% PEG 4000, 75mM Na-citrate, 75mM ADA-NaOH buffer (pH 6.7), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→20 Å / Num. all: 43084 / Num. obs: 42030 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.73 Å / % possible all: 94.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2DU3 解像度: 3.6→19.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 7089748.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.9985 Å2 / ksol: 0.194656 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 129.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→19.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.6→3.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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