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万見
- PDB-2du7: Crystal structure of Methanococcus jannacshii O-phosphoseryl-tRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2du7
タイトルCrystal structure of Methanococcus jannacshii O-phosphoseryl-tRNA synthetase
要素O-phosphoseryl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / alpha4 tetramer / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


O-phospho-L-serine-tRNA ligase / phosphoserine-tRNA(Cys) ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / phenylalanine-tRNA ligase activity / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
O-phosphoseryl-tRNA(Cys) ligase / O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase, C-terminal domain / O-phosphoseryl-tRNA synthetase C-terminal domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) ...O-phosphoseryl-tRNA(Cys) ligase / O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase, C-terminal domain / O-phosphoseryl-tRNA synthetase C-terminal domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Fukunaga, R. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural insights into the first step of RNA-dependent cysteine biosynthesis in archaea.
著者: Fukunaga, R. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-phosphoseryl-tRNA synthetase
B: O-phosphoseryl-tRNA synthetase
C: O-phosphoseryl-tRNA synthetase
D: O-phosphoseryl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,1104
ポリマ－254,1104
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26990 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area116630 Å2
手法PISA, PQS
2
A: O-phosphoseryl-tRNA synthetase
B: O-phosphoseryl-tRNA synthetase
C: O-phosphoseryl-tRNA synthetase
D: O-phosphoseryl-tRNA synthetase

A: O-phosphoseryl-tRNA synthetase
B: O-phosphoseryl-tRNA synthetase
C: O-phosphoseryl-tRNA synthetase
D: O-phosphoseryl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)508,2218
ポリマ－508,2218
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area63650 Å2
ΔGint-375 kcal/mol
Surface area223580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.354, 299.455, 125.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
O-phosphoseryl-tRNA synthetase / Putative phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain-like protein MJ1660


分子量: 63527.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59054, 合成酵素; C-O結合を形成; アミノアシルtRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 11.25% PEG 4000, 75mM Na-citrate, 75mM ADA-NaOH buffer (pH 6.7), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→20 Å / Num. all: 43084 / Num. obs: 42030 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DU3

2du3


解像度: 3.6→19.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 7089748.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.387 4236 10.1 %RANDOM
Rwork0.33 ---
obs0.33 42030 97.5 %-
all-43084 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.9985 Å2 / ksol: 0.194656 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 129.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.16 Å20 Å20 Å2
2---3.37 Å20 Å2
3----8.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.67 Å0.53 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1 Å0.81 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17516 0 0 0 17516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it23.171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it35.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it28.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it41.272.5
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 669 10 %
Rwork0.373 6045 -
obs--94.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna_rep.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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