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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2du5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus O-phosphoseryl-tRNA synthetase E418N/E420N mutant complexed with tRNAOpal and O-phosphoserine ("opal complex") | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE/RNA / alpha4 tetramer / LIGASE-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 O-phospho-L-serine-tRNA ligase / phosphoserine-tRNA(Cys) ligase activity / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Fukunaga, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Structural insights into the first step of RNA-dependent cysteine biosynthesis in archaea. 著者: Fukunaga, R. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2du5.cif.gz | 252.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2du5.ent.gz | 198 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2du5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2du5_validation.pdf.gz | 489.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2du5_full_validation.pdf.gz | 548.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2du5_validation.xml.gz | 45 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2du5_validation.cif.gz | 61.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/2du5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/2du5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer of O-phosphoseryl-tRNA synthetase with two bound tRNAOpal molecules generated from the dimer O-phosphoseryl-tRNA synthetase with one bound tRNAOpal molecule in the asymmetric unit by the operations: y, x, -z |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 22893.566 Da / 分子数: 1 / 変異: G33U / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 61235.133 Da / 分子数: 2 / 変異: E418N, E420N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O30126, 合成酵素; C-O結合を形成; アミノアシルtRNAおよび関連化合物を生成するリガーゼ #3: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.92 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8% PEG 6000, 1.2M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 32318 / Num. obs: 32270 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2DU3 解像度: 3.2→49.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 4343279.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 101.557 Å2 / ksol: 0.285269 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 113.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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