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万見
- PDB-2dsa: Ternary complex of BphK, a bacterial GST -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dsa
タイトルTernary complex of BphK, a bacterial GST
要素Glutathione S-transferase
キーワードTRANSFERASE / Glutathione S-transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Chem-HPX / Glutathione S-transferase / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tocheva, E.I. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structures of ternary complexes of BphK, a bacterial glutathione S-transferase that reductively dechlorinates polychlorinated biphenyl metabolites
著者: Tocheva, E.I. / Fortin, P.D. / Eltis, L.D. / Murphy, M.E.P.
履歴
登録2006年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32011年12月7日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase
B: Glutathione S-transferase
C: Glutathione S-transferase
D: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,69112
ポリマ－89,5894
非ポリマー2,1028
水3,693205
1
A: Glutathione S-transferase
B: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8466
ポリマ－44,7942
非ポリマー1,0514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase
D: Glutathione S-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8466
ポリマ－44,7942
非ポリマー1,0514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.2, 112.2, 221.9
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase


分子量: 22397.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: bphK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GJ1158
参照: UniProt: Q9RAF0, UniProt: Q59721*PLUS, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物
ChemComp-HPX / (2Z,4E)-2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOIC ACID / (2Z,4E)-2-ヒドロキシ-6-オキソ-6-フェニル-2,4-ヘキサジエン酸


分子量: 218.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.0M K/NA tartrate, 0.1M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 54562 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Num. unique all: 3778

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F2E

1f2e


解像度: 2.1→44.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.356 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23625 2918 5.1 %RANDOM
Rwork0.20305 ---
obs0.20471 54562 94.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.677 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-0.21 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6224 0 144 205 6573
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2591.988868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1115796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.09124.4300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.53915992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3311536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.23037
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.24481
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0620.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6651.54077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1826368
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49532793
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3764.52500
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 191 -
Rwork0.302 3778 -
obs--87.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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