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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dqn | ||||||
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タイトル | Structure of tRNA-Dependent Amidotransferase GatCAB complexed with Asn | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE / TRNA / AMIDOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 asparaginyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolysing) / glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase complex / 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの / glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / regulation of translational fidelity / translation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Nakamura, A. / Yao, M. / Tanaka, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2006 タイトル: Ammonia channel couples glutaminase with transamidase reactions in GatCAB 著者: Nakamura, A. / Yao, M. / Chimnaronk, S. / Sakai, N. / Tanaka, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dqn.cif.gz | 207.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dqn.ent.gz | 162 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dqn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2dqn_validation.pdf.gz | 471.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2dqn_full_validation.pdf.gz | 529.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2dqn_validation.xml.gz | 44.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2dqn_validation.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/2dqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/2dqn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 52858.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: gatA / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 参照: UniProt: P63488, 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの |
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-Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit ... , 2種, 2分子 BC
#2: タンパク質 | 分子量: 54794.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: gatB / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 参照: UniProt: P64201, 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの |
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#3: タンパク質 | 分子量: 11279.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: gatC / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 参照: UniProt: P68807, 合成酵素; C-N結合を形成; C-N結合を形成するものうちグルタミンがアミド-N-供与体となるもの |
-非ポリマー , 3種, 199分子
#4: 化合物 | ChemComp-ASN / |
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#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% PEG MME 550, 0.005M MAGNESIUM CHLORIDE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月27日 |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→41.5 Å / Num. all: 42059 / Num. obs: 42059 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 52.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3787 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 90.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2G5H 解像度: 2.55→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 54.79 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å
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