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万見
- PDB-2dpj: structure of hPoli with DNA and dTTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dpj
タイトルstructure of hPoli with DNA and dTTP
要素
  • 5'-D(*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'
  • 5'-D(*TP*(EDA)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3'
  • DNA polymerase iota
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA dependent DNA Polymerase / ethenodA adduct / lesion bypass / dTTP / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck ...error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck / DNA repair / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain ...DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA polymerase iota
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nair, D.T. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Hoogsteen base pair formation promotes synthesis opposite the 1,N(6)-ethenodeoxyadenosine lesion by human DNA polymerase iota.
著者: Nair, D.T. / Johnson, R.E. / Prakash, L. / Prakash, S. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2006年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: 5'-D(*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'
T: 5'-D(*TP*(EDA)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3'
A: DNA polymerase iota
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4206
ポリマ－51,8903
非ポリマー5313
水2,288127
1
P: 5'-D(*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'
T: 5'-D(*TP*(EDA)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3'
A: DNA polymerase iota
ヘテロ分子

P: 5'-D(*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'
T: 5'-D(*TP*(EDA)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3'
A: DNA polymerase iota
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,84112
ポリマ－103,7796
非ポリマー1,0626
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)98.059, 98.059, 203.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*GP*AP*CP*CP*(DOC))-3'


分子量: 2091.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*(EDA)P*GP*GP*GP*TP*CP*CP*T)-3'


分子量: 2770.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA polymerase iota / RAD30 homolog B / Eta2


分子量: 47027.344 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-420 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLI, RAD30B / プラスミド: pBJ941 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): Bj5464 / 参照: UniProt: Q9UNA4, DNA-directed DNA polymerase

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非ポリマー , 3種, 130分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 16% PEG 5K MME, 0.4M Ammonium Sulfate, 0.1M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 5K MME11
2Ammonium Sulfate11
3MES11
4HOH11
5PEG 5K MME12
6Ammonium Sulfate12
7MES12
8HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 26535 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 45.6
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 8.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ALZ

2alz


解像度: 2.3→36.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 7.707 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: the structure was refined also with CNS1.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1964 7.9 %RANDOM
Rwork0.23805 ---
obs0.2412 22903 93.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å20.3 Å20 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2876 323 31 127 3357
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0370.0223306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8652.1134531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6125370
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1970.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.022317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.30.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3650.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.310.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7961.51860
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.14322997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.30731446
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1794.51534
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.328 121
Rwork0.278 1527
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11250.1630.08520.70210.47791.6540.05150.0174-0.0296-0.0149-0.09040.03050.09510.1960.03890.35520.0205-0.02930.35870.00460.26516.174216.65316.0704
21.6038-0.1424-0.7813.07090.7514.23750.1035-0.0819-0.13730.1821-0.1590.48050.4428-0.37910.05550.3333-0.1790.06790.327-0.04180.3458-5.083516.225323.7223
33.6034-0.63152.87642.16490.77453.488-0.5834-0.0730.8525-0.1225-0.1885-0.1288-0.2702-0.16650.77190.32690.006-0.21840.2564-0.03040.47780.203635.5023-3.3046
42.90951.9998-1.19956.85020.08943.90230.9063-0.23840.41461.132-0.670.8768-0.29410.272-0.23630.4633-0.27120.26290.1735-0.20930.35787.049741.333232.9066
51.3952-0.0858-1.13981.656-0.47850.55790.0607-0.08150.578-0.0049-0.08860.51450.01340.18910.02790.342-0.1273-0.03940.2985-0.04520.49674.332136.88917.2732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC26 - 3726 - 37
2X-RAY DIFFRACTION1AC99 - 22499 - 224
3X-RAY DIFFRACTION2AC38 - 9838 - 98
4X-RAY DIFFRACTION3AC225 - 287225 - 287
5X-RAY DIFFRACTION4AC298 - 414298 - 414
6X-RAY DIFFRACTION5TB839 - 8471 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5PA867 - 8731 - 7
8X-RAY DIFFRACTION5AF8751
9X-RAY DIFFRACTION5AD - E871 - 8721

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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