PDB-2do8: Solution Structure of UPF0301 protein HD_1794

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2do8

タイトル

Solution Structure of UPF0301 protein HD_1794

要素

UPF0301 protein HD_1794

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NESG / GFT NMR / STRUCTRAL GENOMICS / HdR14 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

VC0467-like / VC0467-like / Protein of unknown function UPF0301 / Uncharacterized ACR, COG1678 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / UPF0301 protein HD_1794

機能・相同性情報

生物種

Haemophilus ducreyi (バクテリア)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics

データ登録者

Zhang, Q. / Liu, G. / Shastry, R. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Acton, T.R. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution Structure of UPF0301 protein HD_1794
著者: Zhang, Q. / Liu, G. / Shastry, R. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Acton, T.R. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.

履歴

登録	2006年4月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2do8.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2do8.ent.gz	952.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2do8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2do8_validation.pdf.gz	345.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2do8_full_validation.pdf.gz	506.6 KB	表示
XML形式データ	2do8_validation.xml.gz	74.3 KB	表示
CIF形式データ	2do8_validation.cif.gz	96.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/2do8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/2do8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6gt5-2 1pvt-d 2g81-d 6gfn-d 6fw5-1 3llk-1 4nim-d 6mjn-2 4lvj-d 3a55-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: HdR14

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UPF0301 protein HD_1794

21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	UPF0301 protein HD_1794 分子量: 21261.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus ducreyi (バクテリア) 遺伝子: OrderedLocusNames: HD_1794 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7VKS7

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	GFT (4,3)D HNNCABCA
1	2	1	GFT (4,3)D CABCA(CO)NHN
1	3	1	GFT (4,3)D HABCAB(CO)NHN
1	4	1	GFT (4,3)D (H)CCH
1	5	1	SIMULTANEOUS HETERONUCLEAR RESOLVED [1H,1H]-NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using GFT techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 50mM MES; 10mM DTT; 50mM Arginine; 0.02% NaN3; 95% H2O, 5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	750	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.1	Guntert, P.	構造決定
NMRPipe	2.3	Delaglio, F.	解析
CNS	1.1		精密化
XEASY	1.3	Bartels, C., Xia, T.	データ解析
UBNMR	1	Shen, Y.	データ解析
AutoStructure	2.0.0	Huang, Y.J.	データ解析

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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