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万見
- PDB-2dnu: Solution structure of RSGI RUH-061, a SH3 domain from human -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dnu
タイトルSolution structure of RSGI RUH-061, a SH3 domain from human
要素SH3 multiple domains 1
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL PROTEIN / SH3 / RSGI / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


Invadopodia formation / osteoclast fusion / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / superoxide anion generation / podosome / anchoring junction ...Invadopodia formation / osteoclast fusion / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / superoxide anion generation / podosome / anchoring junction / superoxide metabolic process / CDC42 GTPase cycle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cell projection / protease binding / in utero embryonic development / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH3PXD2A, SH3 domain 3 / SH3PXD2A, SH3 domain 1 / SH3PXD2A, SH3 domain 2 / SH3PXD2A, SH3 domain 4 / SH3PXD2A, SH3 domain 5 / SH3PXD2, PX domain / : / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain ...SH3PXD2A, SH3 domain 3 / SH3PXD2A, SH3 domain 1 / SH3PXD2A, SH3 domain 2 / SH3PXD2A, SH3 domain 4 / SH3PXD2A, SH3 domain 5 / SH3PXD2, PX domain / : / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SH3 and PX domain-containing protein 2A / SH3 and PX domain-containing protein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Ohashi, W. / Hirota, H. / Nagashima, T. / Kurosaki, C. / Hayashi, F. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Solution structure of RSGI RUH-061, a SH3 domain from human
著者: Ohashi, W. / Hirota, H. / Nagashima, T. / Kurosaki, C. / Hayashi, F. / Yoshida, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2006年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 multiple domains 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8161
ポリマ－7,8161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100The submitted conformer models are those with the lowest number of target function
代表モデルモデル #1lower target function

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要素

#1: タンパク質 SH3 multiple domains 1 / RUH-061


分子量: 7815.629 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: Q5TDQ8, UniProt: Q5TCZ1*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: spectrometer_id 1 is for experiment_id 1, spectrometer_id 2 is for experiment_id 2

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試料調製

詳細内容: 1.12mM RUH-061 U-15N,13C; 20mM Tris U-2H; 100mM NaCl; 1mM DTT U-2H; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
JEOL ECAJEOLECA7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
Delta NMR4.3.2JEOLcollection
NMRPipe20031121Delaglio, F.解析
NMRView5.0.4Johnson, B.A.データ解析
KUJIRA0.9741Kobayashi, N.データ解析
CYANA2.0.17guntert, P.構造決定
CYANA2.0.17guntert, P.精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lower target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models are those with the lowest number of target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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