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万見
- PDB-2dnj: DNASE I-INDUCED DNA CONFORMATION. 2 ANGSTROMS STRUCTURE OF A DNAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dnj
タイトルDNASE I-INDUCED DNA CONFORMATION. 2 ANGSTROMS STRUCTURE OF A DNASE I-OCTAMER COMPLEX
要素
  • 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
  • DEOXYRIBONUCLEASE I
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / zymogen granule / regulation of acute inflammatory response / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / neutrophil activation involved in immune response / DNA catabolic process / nuclear envelope / actin binding / apoptotic process ...regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / zymogen granule / regulation of acute inflammatory response / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / neutrophil activation involved in immune response / DNA catabolic process / nuclear envelope / actin binding / apoptotic process / DNA binding / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family ...Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Deoxyribonuclease-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lahm, A. / Suck, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: DNase I-induced DNA conformation. 2 A structure of a DNase I-octamer complex
著者: Lahm, A. / Suck, D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1988
タイトル: Structure Refined to 2 Angstroms of a Nicked DNA Octanucleotide Complex with DNase I
著者: Suck, D. / Lahm, A. / Oefner, C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1986
タイトル: Structure of DNase I at 2.0 Angstroms Resolution Suggests a Mechanism for Binding to and Cutting DNA
著者: Suck, D. / Oefner, C.
#3: ジャーナル: Embo J. / 年: 1984
タイトル: Three-Dimensional Structure of Bovine Pancreatic DNase I at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Suck, D. / Oefner, C. / Kabsch, W.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data of Bovine Pancreatic Deoxyribonuclease I
著者: Suck, D.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1973
タイトル: Bovine Pancreatic Deoxyribonuclease A. Isolation of Cyanogen Bromide Peptides, Complete Covalent Structure of the Polypeptide Chain
著者: Liao, T.-H. / Salnikow, J. / Moore, S. / Stein, W.H.
履歴
登録1986年10月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02020年10月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id / _pdbx_chem_comp_identifier.identifier / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*C)-3'
A: DEOXYRIBONUCLEASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5514
ポリマ－33,3293
非ポリマー2211
水4,540252
1
B: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*C)-3'
A: DEOXYRIBONUCLEASE I
ヘテロ分子

B: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*C)-3'
A: DEOXYRIBONUCLEASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1018
ポリマ－66,6596
非ポリマー4422
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)72.900, 100.100, 92.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS ONE DNASE I MOLECULE AND ONE NICKED DNA OCTAMER WITH A TOTAL OF 14 NUICLEOTIDES. THE CLEAVED 3-PRIME GC OF ONE OF THE DNA STRANDS IS MISSING IN THE STRUCTURE. THE SYMMETRY OPERATION X,1-Y,1-Z, I.E. THE TWOFOLD AXIS ALONG A AT B/2,C/2, CREATES THE QUASI-CONTINUOUS 14-MER FORMED BY THE TWO OVERLAPPING NICKE OCTAMERS.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*C)-3'


分子量: 2427.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*C)-3'


分子量: 1809.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DEOXYRIBONUCLEASE I / EC 3.1.21.1


分子量: 29092.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / Secretion: MILK / 参照: UniProt: P00639, deoxyribonuclease I
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細OF THE CARBOHYDRATE MOIETY ATTACHED TO ND2 ASN 18, ONLY THE FIRST RESIDUE WAS VISIBLE IN THE ...OF THE CARBOHYDRATE MOIETY ATTACHED TO ND2 ASN 18, ONLY THE FIRST RESIDUE WAS VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP AND IS INCLUDED IN THE ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 600011
3EDT11
4IMIDAZOLE11
5NACL11
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6 / 手法: other
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID
115 mMEDTA1
28 %(w/v)PEG60001
31
41
51

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: 回転陽極
検出器検出器: OSCILLATION CAMERA
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20921 / Observed criterion σ(F): 3
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 89.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
obs0.174 20101 90.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2006 281 14 252 2553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0290.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.32.25
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.42.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it54
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1840.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.160.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.230.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.20.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.23
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor34.130
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection all: 20101 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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