PDB-2dmi: Solution structure of the first and the second zf-C2H2 like domai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dmi

タイトル

Solution structure of the first and the second zf-C2H2 like domains of human Teashirt homolog 3

要素

Teashirt homolog 3

キーワード

TRANSCRIPTION / Zinc finger protein 537 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / long-term synaptic potentiation / growth cone / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Endo, H. / Hayashi, F. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the first and the second zf-C2H2 like domains of human Teashirt homolog 3
著者: Endo, H. / Hayashi, F. / Yoshida, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2006年4月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dmi.cif.gz	700.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dmi.ent.gz	585.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dmi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/2dmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/2dmi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6m9a-1 3hjl-d 4yci-d 2i9e-d 3wv9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsk002001446.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (7) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (4) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Teashirt homolog 3

ヘテロ分子

13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Teashirt homolog 3 / Zinc finger protein 537 分子量: 12914.487 Da / 分子数: 1 / 断片: zf-C2H2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: ZNF537 / プラスミド: P050905-02 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q63HK5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.19mM; 20mM Nad-Mal(6.0),100mM NaCl,0.1mM DTT,0.02%NaN3,0.05mM ZnCl2,1mM NTA 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delagilo,F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson,B.A	データ解析
KUJIRA	0.955	Kobayashi,N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert,P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert,P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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