PDB-6m9a: Bordetella pertussis globin coupled sensor regulatory domain (BpeGReg)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m9a

タイトル

Bordetella pertussis globin coupled sensor regulatory domain (BpeGReg)

要素

Signaling protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / globin / heme / sensor / Bordetella / pertussis / iron / Fe / coupled / bpeglobin / bpegreg

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / oxygen binding / nucleotide binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella pertussis (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Rivera, S.R. / Hoffer, E.D. / Dunham, C.M. / Weinert, E.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Inorg Chem / 年: 2018
タイトル: Structural Insights into Oxygen-Dependent Signal Transduction within Globin Coupled Sensors.
著者: Rivera, S. / Young, P.G. / Hoffer, E.D. / Vansuch, G.E. / Metzler, C.L. / Dunham, C.M. / Weinert, E.E.

履歴

登録	2018年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m9a.cif.gz	207.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m9a.ent.gz	165.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/6m9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/6m9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zvbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zg9-d 4jgw-d 1zg8-d 3n4d-d 3b75-d 2pjc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
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一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Signaling protein

B: Signaling protein

C: Signaling protein

ヘテロ分子

59.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Signaling protein

ヘテロ分子

A: Signaling protein

ヘテロ分子

C: Signaling protein

ヘテロ分子

C: Signaling protein

ヘテロ分子

B: Signaling protein

ヘテロ分子

B: Signaling protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
119 kDa, 6 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_556	-x,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	1_566	x,y+1,z+1	1
crystal symmetry operation	2_565	-x,y+1,-z	1
crystal symmetry operation	3_454	x-1/2,y+1/2,z-1	1
crystal symmetry operation	4_557	-x+1/2,y+1/2,-z+2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.160, 49.640, 68.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.58, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-367- HOH
2	1	C-301- HOH

#1: タンパク質	Signaling protein 分子量: 19161.934 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / 遺伝子: dosC, ERS1058649_03633 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A131IFY0, UniProt: Q7VTL8*PLUS, diguanylate cyclase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 5-20% PEG 3350, 0.2M calcium acetate, 10mM Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→35.63 Å / Num. obs: 18915 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 8.984 % / B_iso Wilson estimate: 37.99 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 1.021 / Net I/σ(I): 26.08 / Num. measured all: 169925 / Scaling rejects: 1205

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	9.085	0.118	18.72	1534	0.995	0.124	100
2.36-2.42	9.357	0.111	20.27	1438	0.995	0.118	99.9
2.42-2.49	9.352	0.101	22.73	1439	0.995	0.107	99.9
2.49-2.57	9.299	0.096	23.52	1357	0.996	0.102	99.6
2.57-2.66	8.777	0.089	23.2	1191	0.996	0.094	88.2
2.66-2.75	8.634	0.083	25.22	656	0.997	0.088	49.8
2.75-2.85	9.23	0.082	26.56	1244	0.997	0.086	99.8
2.85-2.97	9.189	0.079	26.64	1215	0.997	0.083	100
2.97-3.1	9.149	0.081	27.14	1158	0.997	0.085	99.7
3.1-3.25	9.176	0.077	28.47	1111	0.997	0.081	100
3.25-3.43	8.852	0.075	28.09	957	0.996	0.08	92.1
3.43-3.64	8.673	0.071	28.11	770	0.998	0.075	75.9
3.64-3.89	8.181	0.069	28.79	664	0.996	0.074	70.6
3.89-4.2	8.866	0.067	32.34	755	0.997	0.071	84.2
4.2-4.6	8.973	0.063	33.04	790	0.99	0.066	99.6
4.6-5.14	8.95	0.07	32.17	745	0.997	0.074	99.3
5.14-5.94	8.859	0.066	31.58	647	0.987	0.07	99.7
5.94-7.27	8.622	0.068	31.2	563	0.994	0.072	99.6
7.27-10.29	8.122	0.089	27.97	436	0.994	0.096	99.3
10.29-35.63	7.114	0.12	23.58	245	0.99	0.13	93.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZVB

4zvb

解像度: 2.3→35.63 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	1890	10.01 %
R_work	0.1608	-	-
obs	0.1673	18883	92.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3664	0	136	186	3986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.883	5350
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.456	1355
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	584
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	667

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3001-2.3623	0.2938	160	0.2025	1432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3623-2.4318	0.3148	152	0.1922	1365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4318-2.5103	0.298	157	0.1835	1412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5103-2.6	0.2476	158	0.1769	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.704	0.3338	73	0.1722	653	X-RAY DIFFRACTION	47
2.704-2.8271	0.256	157	0.1727	1410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8271-2.976	0.2832	157	0.1869	1418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.1624	0.2271	155	0.1749	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1624-3.4064	0.2317	157	0.1837	1413	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4064-3.7488	0.2316	103	0.1519	926	X-RAY DIFFRACTION	65
3.7488-4.2905	0.1885	141	0.1316	1268	X-RAY DIFFRACTION	88
4.2905-5.4026	0.2025	157	0.1369	1412	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4026-35.6345	0.1877	163	0.1544	1473	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2562	-0.0363	0.1807	0.1411	-0.109	0.2461	-0.2121	-0.3674	-0.1154	0.116	0.2315	-0.3569	0.016	0.0907	-0.0122	0.2383	0.0314	-0.0849	0.3371	-0.0885	0.2411	4.4674	1.399	33.7518
2	0.3058	0.2723	-0.2027	0.5659	0.4236	1.3813	0.0764	0.3822	0.0075	-0.1744	0.037	0.0273	-0.0117	0.2214	0.0019	0.2004	0.0284	0.0279	0.2648	-0.0047	0.215	-8.8964	0.6658	17.092
3	0.4307	0.388	0.3687	0.2622	0.2665	0.1875	0.1844	0.0806	0.6526	-0.3578	-0.0135	-0.7141	-0.1945	0.6585	-0	0.3724	-0.0753	0.0468	0.4213	0.0458	0.3632	0.8861	9.6471	23.5436
4	0.7136	-0.2192	-0.0082	0.2706	-0.087	1.2336	-0.0078	0.1639	0.0006	-0.1495	0.0222	-0.0416	0.0453	0.0312	0	0.1765	-0.0082	-0.0093	0.2195	-0.029	0.1788	-9.643	-2.2039	27.1872
5	0.0926	-0.1081	-0.0256	0.0814	-0.0903	0.1901	0.0116	-0.5327	-0.3843	0.5288	-0.1439	-0.3309	0.2607	-0.273	0.0006	0.4355	-0.1138	-0.0244	0.4	0.0623	0.4666	14.9434	-6.6707	54.6434
6	0.3119	0.3731	0.318	0.9475	0.2372	0.5445	-0.0306	0.3989	-0.3584	-0.1066	-0.0259	-0.064	-0.1807	-0.0513	0.0004	0.2725	-0.0853	-0.0035	0.4068	-0.043	0.3092	24.5369	6.5649	40.3065
7	0.1554	-0.092	0.1997	0.0572	-0.1148	0.2696	-0.0731	0.3184	-0.1816	-0.4638	-0.3049	0.122	-0.0551	-0.0189	-0.2446	0.7658	-0.1037	0.2956	1.0147	-0.4849	0.4517	32.7842	0.5836	28.2516
8	0.0509	0.2444	-0.2063	0.8413	-0.9243	1.1058	0.0386	0.7607	-0.0379	-0.3572	0.5082	0.0101	0.4828	-0.2142	0.293	0.2708	-0.0308	-0.0136	0.4041	-0.2262	0.2768	18.8531	0.3274	38.963
9	0.0682	0.1171	-0.1318	0.2941	-0.1929	0.3795	0.5186	0.1553	-0.8435	-0.2124	-0.2827	0.0288	0.5296	-0.2271	0.0006	0.4938	-0.0639	0.042	0.3553	-0.121	0.6285	24.1589	-8.8299	43.8394
10	0.266	0.2627	-0.1053	0.2577	-0.016	0.2575	-0.0873	0.0606	0.4567	0.1295	0.0793	-0.7922	-0.2848	0.1199	-0	0.2833	-0.0341	-0.0206	0.2843	0.0113	0.3604	26.6391	9.928	45.5239
11	0.5596	0.5735	-0.1467	0.4566	-0.1059	0.3383	0.047	0.3774	0.1758	0.2199	-0.352	-0.1532	-0.0787	-0.172	-0	0.2741	-0.0311	-0.0237	0.2539	-0.006	0.2889	19.4232	4.9955	50.3087
12	1.0756	0.0626	0.7089	0.7167	0.0834	0.8309	0.0916	0.1352	0.0507	-0.0599	-0.1537	-0.0991	-0.2357	-0.1886	-0	0.3268	0.0502	0.0135	0.1937	0.0021	0.2095	16.6547	-11.6764	3.8919
13	0.4097	0.3587	0.1802	0.3099	0.1629	0.5036	0.1531	0.0473	-0.1481	-0.3258	0.1494	-0.3291	-0.0023	-0.1475	0.0005	0.4683	0.0973	-0.0452	0.2504	-0.0759	0.3101	16.6349	-21.6626	-5.161
14	0.4239	-0.2932	-0.0919	1.2211	0.2487	1.8695	0.0416	-0.0114	-0.1561	-0.156	-0.0438	0.156	0.0326	-0.1085	-0	0.2462	0.0464	-0.0167	0.1911	-0.012	0.2627	16.9618	-16.7141	5.2883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 113 through 168 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 13 through 28 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 29 through 67 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 68 through 74 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 75 through 92 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 93 through 115 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 116 through 136 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 137 through 168 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 13 through 58 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 59 through 92 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 93 through 169 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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