PDB-2dlr: Solution structure of the RGS domain of human Regulator of G-prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dlr

タイトル

Solution structure of the RGS domain of human Regulator of G-protein signaling 10

要素

Regulator of G-protein signaling 10

キーワード

SIGNALING PROTEIN / RGS domain / Regulator of G-protein signaling 10 / RGS10 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein alpha-subunit binding / negative regulation of signal transduction / positive regulation of GTPase activity / GTPase activator activity / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / nuclear body / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Zhang, H.P. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution structure of the RGS domain of human Regulator of G-protein signaling 10
著者: Zhang, H.P. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2006年4月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dlr.cif.gz	917.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dlr.ent.gz	774.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dlr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/2dlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/2dlr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qao-d 1jvt-d 6xw0-d 6pvw-d 5cbo-8 2w5g-d 2ckz-1 3ev4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hso002000865.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Regulator of G-protein signaling 10

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Regulator of G-protein signaling 10 / RGS10 分子量: 17253.438 Da / 分子数: 1 / 断片: RGS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: RGS10 / プラスミド: P050613-22 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: O43665

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: spectrometer_id 1 for 3D_15N_separated_NOESY; spectrometer_id 2 for 3D_13C_separated_NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.18mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.04	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.93191	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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