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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dkx | ||||||
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タイトル | Solution structure of the SAM_PNT-domain of ETS transcription factor PDEF (Prostate ets) | ||||||
要素 | SAM pointed domain-containing Ets transcription factor | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS (無細胞タンパク質合成系) / PROTEIN REGULATION / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cell fate commitment / negative regulation of cell fate commitment / lung goblet cell differentiation / epithelial cell fate commitment / glandular epithelial cell development / intestinal epithelial cell development / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...positive regulation of cell fate commitment / negative regulation of cell fate commitment / lung goblet cell differentiation / epithelial cell fate commitment / glandular epithelial cell development / intestinal epithelial cell development / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Goroncy, A.K. / Sato, M. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the SAM_PNT-domain of ETS transcription factor PDEF (Prostate ets) 著者: Goroncy, A.K. / Sato, M. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dkx.cif.gz | 564.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dkx.ent.gz | 474.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dkx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/2dkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/2dkx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10495.810 Da / 分子数: 1 / 断片: sam_pnt domain(residues 8-90) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS / 遺伝子: SPDEF, PDEF, PSE / プラスミド: P041108-11 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: O95238 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.15mM SAM_PNT DOMAIN, 20mM d-TRIS-HCL, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: AMBIENT / 温度: 296 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |