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万見
- PDB-2dio: Crystal Structure of the Allene Oxide Cyclase 2 with bound inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dio
タイトルCrystal Structure of the Allene Oxide Cyclase 2 with bound inhibitor vernolic acid
要素Allene oxide cyclase 2
キーワードISOMERASE / beta barrel / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / stromule / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / response to cold / chloroplast / cytosol
類似検索 - 分子機能
AOC barrel-like / Allene oxide cyclase-like / Allene oxide cyclase / Allene oxide cyclase superfamily / Allene oxide cyclase / Allene oxide cyclase/Dirigent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
11-[(2R,3S)-3-PENTYLOXIRAN-2-YL]UNDECANOIC ACID / Allene oxide cyclase 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hofmann, E. / Schaller, F. / Zerbe, P.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Allene Oxide Cyclase: Insights into the Oxylipin Cyclization Reaction
著者: Hofmann, E. / Zerbe, P. / Schaller, F.
履歴
登録2006年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allene oxide cyclase 2
B: Allene oxide cyclase 2
C: Allene oxide cyclase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7799
ポリマ－63,0203
非ポリマー7596
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.500, 99.800, 105.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is a trimer chains A,B,C

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要素

#1: タンパク質 Allene oxide cyclase 2


分子量: 21006.705 Da / 分子数: 3 / 断片: Allene oxide cyclase 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT3G25770 / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9LS02, allene-oxide cyclase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EOD / 11-[(2R,3S)-3-PENTYLOXIRAN-2-YL]UNDECANOIC ACID / (+-)-CIS-12,13-EPOXY-9(Z)-OCTADECANOIC ACID / LEUKOTOXIN B / (+-)-VERNOLIC ACID / 3α-ペンチルオキシラン-2α-ウンデカン酸


分子量: 298.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10% PEG3350, 200mM NaCl, 100mM phosphate citrate, pH 4.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極CU K-ALPHA11.54
2
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月8日 / 詳細: mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MONTEL MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38 Å / Num. all: 70876 / Num. obs: 70876 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 18.165 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. measured obs: 44194 / Num. unique all: 10561 / Num. unique obs: 10519 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2BRJ

2brj


解像度: 1.7→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 2.336 / SU ML: 0.076 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 3583 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.199 70876 --
obs0.199 70876 93.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4092 0 51 368 4511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0224289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.78425819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9335531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.87124.833180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.27515701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.037159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2340.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22916
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1251.52690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69324227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.93931826
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1344.51583
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 245 -
Rwork0.297 4688 -
obs-4933 89.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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