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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dgm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Escherichia coli GadB in complex with iodide | ||||||
要素 | Glutamate decarboxylase beta | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / GadB complexed with iodide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルタミン酸デカルボキシラーゼ / glutamate decarboxylase activity / glutamate catabolic process / intracellular pH elevation / pyridoxal phosphate binding / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Gruetter, M.G. / Capitani, G. / Gut, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: Escherichia coli acid resistance: pH-sensing, activation by chloride and autoinhibition in GadB 著者: Gut, H. / Pennacchietti, E. / John, R.A. / Bossa, F. / Capitani, G. / De Biase, D. / Gruetter, M.G. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure and functional analysis of Escherichia coli glutamate decarboxylase 著者: Capitani, G. / De Biase, D. / Aurizi, C. / Gut, H. / Bossa, F. / Gruetter, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dgm.cif.gz | 570 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dgm.ent.gz | 464.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dgm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/2dgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/2dgm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 52727.957 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: gadB / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 参照: UniProt: P69910, グルタミン酸デカルボキシラーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 1976分子
#2: 化合物 | ChemComp-IOD / #3: 化合物 | ChemComp-PLP / #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 化合物 | ChemComp-ACY / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.135M sodium acetate, 0.7M sodium formate, 13% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.3 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月2日 / 詳細: Dynamically bendable mirror |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 191280 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 1.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 17342 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 84.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1PMM 解像度: 1.95→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å
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