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- PDB-2dgl: Crystal structure of Escherichia coli GadB in complex with bromide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dgl
タイトルCrystal structure of Escherichia coli GadB in complex with bromide
要素Glutamate decarboxylase beta
キーワードLYASE (リアーゼ) / GadB complexed with bromide
機能・相同性
機能・相同性情報


グルタミン酸デカルボキシラーゼ / glutamate decarboxylase activity / glutamate catabolic process / intracellular pH elevation / pyridoxal phosphate binding / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #50 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #160 / グルタミン酸デカルボキシラーゼ / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 ...MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #50 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #160 / グルタミン酸デカルボキシラーゼ / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Few Secondary Structures / イレギュラー / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / 臭化物 / ピリドキサールリン酸 / Glutamate decarboxylase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Gruetter, M.G. / Capitani, G. / Gut, H.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Escherichia coli acid resistance: pH-sensing, activation by chloride and autoinhibition in GadB
著者: Gut, H. / Pennacchietti, E. / John, R.A. / Bossa, F. / Capitani, G. / De Biase, D. / Gruetter, M.G.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure and functional analysis of Escherichia coli glutamate decarboxylase
著者: Capitani, G. / De Biase, D. / Aurizi, C. / Gut, H. / Bossa, F. / Gruetter, M.G.
履歴
登録2006年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate decarboxylase beta
B: Glutamate decarboxylase beta
C: Glutamate decarboxylase beta
D: Glutamate decarboxylase beta
E: Glutamate decarboxylase beta
F: Glutamate decarboxylase beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,12942
ポリマ－316,3686
非ポリマー3,76136
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53280 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area84800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)297.051, 297.051, 233.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質
Glutamate decarboxylase beta / GAD-beta / GadB


分子量: 52727.957 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: JM109 / 遺伝子: gadB / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: P69910, グルタミン酸デカルボキシラーゼ
#2: 化合物...
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物


分子量: 79.904 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 2000 MME, 0.18M potassium bromide, 0.1M sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月9日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit, Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→40 Å / Num. obs: 104068 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 10263 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1PMM

1pmm


解像度: 3.15→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2067 -RANDOM
Rwork0.218 ---
obs-104053 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21497 0 138 134 21769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.26 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 206 -
Rwork0.311 --
obs-10099 98.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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