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万見
- PDB-2dfd: Crystal Structure of Human Malate Dehydrogenase Type 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dfd
タイトルCrystal Structure of Human Malate Dehydrogenase Type 2
要素Malate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / Citric acid cycle / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


L-malate dehydrogenase (NADP+) activity / Malate-aspartate shuttle / malate-aspartate shuttle / Citric acid cycle (TCA cycle) / (S)-malate dehydrogenase (NAD+, oxaloacetate-forming) / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration ...L-malate dehydrogenase (NADP+) activity / Malate-aspartate shuttle / malate-aspartate shuttle / Citric acid cycle (TCA cycle) / (S)-malate dehydrogenase (NAD+, oxaloacetate-forming) / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / gluconeogenesis / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 1 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...Malate dehydrogenase, type 1 / Malate dehydrogenase, active site / Malate dehydrogenase active site signature. / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / HISTIDINE / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Malate dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Malate Dehydrogenase Type 2
著者: Ugochukwu, E. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / von Delft, F. / Oppermann, U.
履歴
登録2006年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02025年10月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.value_order / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
C: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,96723
ポリマ－144,9714
非ポリマー3,99619
水14,394799
1
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,58812
ポリマ－72,4862
非ポリマー2,10310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
2
C: Malate dehydrogenase
D: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,37911
ポリマ－72,4862
非ポリマー1,8939
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area22330 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14920 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area42510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.943, 152.526, 154.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 6 - 319 / Label seq-ID: 28 - 341

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Malate dehydrogenase / Malate Dehydrogenase Type 2


分子量: 36242.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDH2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P40926, (S)-malate dehydrogenase (NAD+, oxaloacetate-forming)

-
非ポリマー , 6種, 818分子

#2: 化合物
ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-Nα,3-ジカチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#6: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MMT, 30% PEG1000, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99806 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99806 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→6.01 Å / Num. obs: 112689 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MLD

1mld


解像度: 1.9→6.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.372 / SU ML: 0.085 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19416 5642 5 %RANDOM
Rwork0.15583 ---
all0.15774 106859 --
obs0.15774 106859 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→6.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9160 0 254 799 10213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0229670
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5422.00813196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.987315655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93651269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15225.446314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.98151585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6511528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.22051
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.26424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.24752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.24579
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2010.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8661.56852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2451.52557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16210201
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07233630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.994.52987
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1824medium positional0.150.5
2B1824medium positional0.120.5
3C1824medium positional0.170.5
4D1824medium positional0.130.5
1A1828loose positional0.445
2B1828loose positional0.365
3C1828loose positional0.485
4D1828loose positional0.385
1A1824medium thermal1.0810
2B1824medium thermal1.1210
3C1824medium thermal1.2110
4D1824medium thermal110
1A1828loose thermal1.3610
2B1828loose thermal1.3210
3C1828loose thermal1.6410
4D1828loose thermal1.3210
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 396 -
Rwork0.253 7681 -
obs--97.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9381-0.41050.05471.55740.50021.0843-0.05840.0295-0.09350.0575-0.0271-0.00320.0115-0.02170.0855-0.04970.0407-0.0624-0.1266-0.0897-0.111829.1224136.908835.0246
21.3943-0.25250.04171.13470.14671.0257-0.00890.23220.1845-0.1636-0.09790.0925-0.2935-0.18430.10680.11660.1146-0.143-0.0571-0.053-0.077616.3932169.216229.6236
30.9576-0.24210.0272.1164-0.2080.65130.00290.1304-0.03550.093-0.04370.2793-0.1211-0.00930.0407-0.20160.00670.0008-0.1594-0.0356-0.148226.3376177.277567.9295
41.1655-0.49410.12081.6138-0.11891.27270.10530.0919-0.20990.0107-0.1118-0.0350.2220.35450.0065-0.18490.0755-0.0215-0.0112-0.073-0.131349.9564151.134666.7504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 31928 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 31928 - 341
3X-RAY DIFFRACTION3CC6 - 31928 - 341
4X-RAY DIFFRACTION4DD6 - 31928 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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