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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dep | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of xylanase B from Clostridium stercorarium F9 | ||||||
![]() | Thermostable celloxylanase | ||||||
![]() | HYDROLASE / GLYCOSIDASE / XYLAN DEGRADATION / FAMILY 10 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellulase / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / cellulase activity / xylan catabolic process / cellulose catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fushinobu, S. / Nishimoto, M. / Miyanaga, A. / Kitaoka, M. / Hayashi, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular anatomy of the alkaliphilic xylanase from Bacillus halodurans C-125 著者: Nishimoto, M. / Fushinobu, S. / Miyanaga, A. / Kitaoka, M. / Hayashi, K. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of xylanase B from Clostridium stercorarium 著者: Nishimoto, M. / Fushinobu, S. / Miyanaga, A. / Wakagi, T. / Shoun, H. / Sakka, K. / Ohmiya, K. / Nirasawa, S. / Kitaoka, M. / Hayashi, K. #2: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2005 タイトル: The role of conserved arginine residue in loop 4 of glycoside hydrolase family 10 xylanases 著者: Nishimoto, M. / Kitaoka, M. / Fushinobu, S. / Hayashi, K. #3: ジャーナル: J.Biosci.Bioeng. / 年: 2002 タイトル: Employing chimeric xylanases to identify regions of an alkaline xylanase participating in enzyme activity at basic pH 著者: Nishimoto, M. / Kitaoka, M. / Hayashi, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hizS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41365.602 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 41-387 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: F-9 / 遺伝子: xynB / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 24% PEG 1500, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50.14 Å / Num. all: 81152 / Num. obs: 80942 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 8015 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HIZ 解像度: 1.8→50.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2018982.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.5148 Å2 / ksol: 0.388148 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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