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- PDB-2dem: Crystal structure of Uracil-DNA glycosylase in complex with AP:A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dem
タイトルCrystal structure of Uracil-DNA glycosylase in complex with AP:A containing DNA
要素
  • 5'-D(*AP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*(D1P)P*TP*TP*AP*GP*TP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*CP*A)-3'
  • uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE/DNA / base excision repair / uracil-DNA glycosylase / Iron/Sulfur cluster / Thermophile / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-deoxyinosine glycosylase activity / deaminated base DNA N-glycosylase activity / uracil DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Uracil DNA glycosylase family 5 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROGENPHOSPHATE ION / ETHANOL / IRON/SULFUR CLUSTER / : / DNA / DNA (> 10) / Type-5 uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kosaka, H. / Nakagawa, N. / Masui, R. / Hoseki, J. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of family 5 uracil-DNA glycosylase bound to DNA.
著者: Kosaka, H. / Hoseki, J. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Masui, R.
履歴
登録2006年2月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年2月17日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / struct_conn ...pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*(D1P)P*TP*TP*AP*GP*TP*CP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*CP*A)-3'
A: uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8659
ポリマ－33,0893
非ポリマー7766
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.920, 150.170, 93.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*(D1P)P*TP*TP*AP*GP*TP*CP*C)-3'


分子量: 4457.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*AP*CP*A)-3'


分子量: 4306.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 uracil-DNA glycosylase


分子量: 24324.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: ttUDGB / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: GenBank: 55981118, UniProt: Q5SJ65*PLUS, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 307分子

#4: 化合物 ChemComp-2HP / DIHYDROGENPHOSPHATE ION / りん酸二水素アニオン


分子量: 96.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O4P
#5: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.9
詳細: 1.4M NaKPO4, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaKPO411
2HOH11
3NaKPO412
4HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→37.03 Å / Num. all: 35480 / Num. obs: 35480 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.14 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.06 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3506 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DDG

2ddg


解像度: 1.95→37.03 Å / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3529 -random
Rwork0.2 ---
all-35480 --
obs-35425 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.82 Å20 Å20 Å2
2--8.42 Å20 Å2
3----5.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→37.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1715 581 33 301 2630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.43
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.58
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.011
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 562 -
Rwork0.251 --
obs-5598 95.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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