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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2deh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tt0972 protein form Thermus Thermophilus with Cl(-) ions | ||||||
![]() | tt0972 protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / dodecamer / flavin / chloride ion / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() Dodecin / Dodecin-like superfamily / Dodecin / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Inagaki, E. / Nakano, N. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of tt0972 protein form Thermus Thermophilus 著者: Inagaki, E. / Nakano, N. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 90.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dodecamer generated from the two trimers in the asymmetric unit by the operations: -x, -y, -z+1/2 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7759.931 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET11A / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 6% PEG 4000, 60mM sodium acetate, 60mM lithium sulfate, 0.5mM nickel chloride, 30mM TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月28日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.48521 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→20 Å / Num. all: 16932 / Num. obs: 16915 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 47.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1638 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Mn 解像度: 2.45→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 662121.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.1227 Å2 / ksol: 0.332904 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→14.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.44→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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