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万見
- PDB-2ddu: Crystal structure of the third repeat domain of reelin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ddu
タイトルCrystal structure of the third repeat domain of reelin
要素reelin
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta-jelly-roll
機能・相同性
機能・相同性情報


spinal cord patterning / cerebral cortex tangential migration / reelin complex / positive regulation of lateral motor column neuron migration / lateral motor column neuron migration / Reelin signalling pathway / lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of AMPA receptor activity / regulation of synaptic activity / interneuron migration ...spinal cord patterning / cerebral cortex tangential migration / reelin complex / positive regulation of lateral motor column neuron migration / lateral motor column neuron migration / Reelin signalling pathway / lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of AMPA receptor activity / regulation of synaptic activity / interneuron migration / positive regulation of CREB transcription factor activity / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic density assembly / regulation of behavior / ventral spinal cord development / positive regulation of synapse maturation / layer formation in cerebral cortex / motor neuron migration / receptor localization to synapse / NMDA glutamate receptor clustering / glial cell differentiation / regulation of neuron migration / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / protein localization to synapse / reelin-mediated signaling pathway / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of synapse maturation / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of neuron differentiation / response to pain / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / associative learning / dendrite development / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of TOR signaling / long-term memory / forebrain development / serine-type peptidase activity / extracellular matrix / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / axon guidance / hippocampus development / central nervous system development / learning / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / modulation of chemical synaptic transmission / brain development / cell morphogenesis / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / long-term synaptic potentiation / neuron migration / cell migration / regulation of gene expression / : / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / receptor ligand activity / dendrite / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Reelin / : / Reelin subrepeat B / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Teneurin-like EGF domain / Laminin / Laminin / Sialidase superfamily ...Reelin / : / Reelin subrepeat B / Reeler domain / Reeler domain superfamily / Reelin domain profile. / Teneurin-like EGF domain / Laminin / Laminin / Sialidase superfamily / Galactose-binding domain-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Nogi, T. / Yasui, N. / Takagi, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure of a signaling-competent reelin fragment revealed by X-ray crystallography and electron tomography
著者: Nogi, T. / Yasui, N. / Hattori, M. / Iwasaki, K. / Takagi, J.
履歴
登録2006年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年10月5日Group: Derived calculations
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: reelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4034
ポリマ－43,3031
非ポリマー1003
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: reelin
ヘテロ分子

A: reelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8068
ポリマ－86,6062
非ポリマー2006
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area3320 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.932, 129.932, 122.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2-

CL

21A-3-

MG

-
要素

#1: タンパク質 reelin


分子量: 43302.961 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1222-1597 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): MAMMALIAN CELL / 細胞株 (発現宿主): CHO-LEC 3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q64FW1, UniProt: Q60841*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, MgCl2, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 24374 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.08 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26498 1254 5 %RANDOM
Rwork0.23409 ---
all0.23559 ---
obs0.23559 23802 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.17 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 3 100 2465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222433
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.9493304
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.575299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6623.148108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.28315390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8831517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2992
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21594
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1120.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0910.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8191.51534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34222403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84531047
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9454.5901
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 96 -
Rwork0.232 1720 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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