PDB-2dcx: NMR solution structure of the Dermaseptin antimicrobial peptide a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dcx

タイトル

NMR solution structure of the Dermaseptin antimicrobial peptide analog NC12-K4S4(1-13)a

要素

Dermaseptin-4

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / alpha-helix

機能・相同性

defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / 12-AMINO-DODECANOIC ACID / Dermaseptin-S4

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / Distance Geometry, Simulated Annealing

データ登録者

Shalev, D.E. / Rotem, S. / Fish, A. / Mor, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Consequences of N-acylation on structure and membrane binding properties of dermaseptin derivative k4-s4-(1-13)
著者: Shalev, D.E. / Rotem, S. / Fish, A. / Mor, A.

履歴

登録	2006年1月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dcx.cif.gz	79.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dcx.ent.gz	54.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dcx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2dcx_validation.pdf.gz	359.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2dcx_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	2dcx_validation.xml.gz	14.3 KB	表示
CIF形式データ	2dcx_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/2dcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/2dcx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dd6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1gjf-d 3cto-2 6u7s-d 6dz9-d 6y1q-d 2i1h-d 1t52-d 6rrl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dermaseptin-4

A: 12-AMINO-DODECANOIC ACID

ヘテロ分子

1.73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 50	structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Dermaseptin-4 / DS IV 分子量: 1513.973 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-13 / 変異: M4K / 由来タイプ: 合成詳細: This is a truncated, mutated sequence of a peptide that occurs naturally in the South American tree frog, Phyllomedusa sauvagei. 参照: UniProt: P80280
#2: 化合物	ChemComp-DOA / 12-AMINO-DODECANOIC ACID / 12-アミノドデカン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 215.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₅NO₂

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	DQF-COSY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	2D NOESY

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試料調製

詳細	内容: 2.2mM peptide; 20:1 molar ratio of DPC-d38 (Cambridge Isotope Laboratories, Inc., USA); 0.02% NaN3 溶媒系: 90% of 10% strength PBS solution, 10% D2O
試料状態	イオン強度: 78 mM / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.1	Bruker	collection
XwinNMR	3.1	Bruker	解析
Sparky	3	Goddard and Kneller	データ解析
X-PLOR	3.856	Nilges, Kuszewski and Brnger	構造決定
Procheck		Laskowski, Rullmannn, MacArthur, Kaptein and Thornton	データ解析
X-PLOR	3.856	Nilges, Kuszewski and Brnger	精密化

精密化

手法: Distance Geometry, Simulated Annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are derived from 241 NOE constraints; 109 intraresidual; 44 i+1; 19 i+2; 39 i+3; 30 long-range.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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