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- PDB-2dcn: Crystal structure of 2-keto-3-deoxygluconate kinase from Sulfolob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dcn
タイトルCrystal structure of 2-keto-3-deoxygluconate kinase from Sulfolobus tokodaii complexed with 2-keto-6-phosphogluconate (alpha-furanose form)
要素hypothetical fructokinase
キーワードTRANSFERASE / 2-keto-3-deoxygluconate kinase / sulfolobus tokodaii / 2-keto-D-gluconate
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxygluconokinase / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-psicofuranosonic acid / : / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Okazaki, S. / Onda, H. / Suzuki, A. / Kuramitsu, S. / Masui, R. / Yamane, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 2-keto-3-deoxygluconate kinase from Sulfolobus tokodaii complexed with 2-keto-6-phosphogluconate
著者: Okazaki, S. / Onda, H. / Suzuki, A. / Kuramitsu, S. / Masui, R. / Yamane, T.
履歴
登録2006年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年5月24日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical fructokinase
B: hypothetical fructokinase
C: hypothetical fructokinase
D: hypothetical fructokinase
E: hypothetical fructokinase
F: hypothetical fructokinase
G: hypothetical fructokinase
H: hypothetical fructokinase
I: hypothetical fructokinase
J: hypothetical fructokinase
K: hypothetical fructokinase
L: hypothetical fructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)424,23492
ポリマ－414,28012
非ポリマー9,95480
水34,7691930
1
A: hypothetical fructokinase
B: hypothetical fructokinase
C: hypothetical fructokinase
D: hypothetical fructokinase
E: hypothetical fructokinase
F: hypothetical fructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,09345
ポリマ－207,1406
非ポリマー4,95339
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27460 Å2
ΔGint-322 kcal/mol
Surface area58030 Å2
手法PISA, PQS
2
G: hypothetical fructokinase
H: hypothetical fructokinase
I: hypothetical fructokinase
J: hypothetical fructokinase
K: hypothetical fructokinase
L: hypothetical fructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,14147
ポリマ－207,1406
非ポリマー5,00241
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27660 Å2
ΔGint-338 kcal/mol
Surface area57850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.638, 150.229, 154.757
Angle α, β, γ (deg.)90, 93.73, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 24分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
hypothetical fructokinase / 2-keto-3-deoxygluconate kinase


分子量: 34523.301 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96XN9, 2-dehydro-3-deoxygluconokinase
#4: 糖
ChemComp-CKP / 6-O-phosphono-beta-D-psicofuranosonic acid / (2R,3R,4S,5R)-2,3,4-TRIHYDROXY-5-[(PHOSPHONATOOXY)METHYL]TETRAHYDROFURAN-2-CARBOXYLIC ACID / 2-KETO-6-PHOSPHATE-D-GLUCONIC ACID, ALPHA-FURANOSE FORM / 6-O-phosphono-beta-D-psicosonic acid / 6-O-phosphono-D-psicosonic acid / 6-O-phosphono-psicosonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 274.119 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O10P

-
非ポリマー , 4種, 1998分子

#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1930 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 179988 / Num. obs: 179988 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.064
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.377 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 82.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→46.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.247 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22817 9064 5 %RANDOM
Rwork0.17485 ---
all0.17758 183508 --
obs0.17758 170891 98.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28860 0 584 1930 31374
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02230395
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.99341218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11753758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6524.6711291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.313155269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.84615110
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.24525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0222622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.215651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.221072
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.22187
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0680.218
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5451.518534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.055229819
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.773312077
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8574.511399
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.246→2.304 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 560 -
Rwork0.235 10716 -
obs--84.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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