ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | SOLVE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3118565.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2 | 2776 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.187 | - | - | - |
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obs | 0.187 | 54975 | 100 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.1415 Å2 / ksol: 0.371133 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.36 Å2 | 0.69 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.36 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -4.73 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.19 Å | 0.17 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.1 Å | 0.09 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.9 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3212 | 0 | 15 | 669 | 3896 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.85 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.224 | 481 | 5.4 % |
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Rwork | 0.218 | 8498 | - |
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obs | - | - | 100 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | so4.paramso4.top | | | | | |
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