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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dbe | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A BERENIL-DODECANUCLEOTIDE COMPLEX: THE ROLE OF WATER IN SEQUENCE-SPECIFIC LIGAND BINDING | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | BERENIL / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() Brown, D.G. / Sanderson, M.R. / Skelly, J.V. / Jenkins, T.C. / Brown, T. / Garman, E. / Stuart, D.I. / Neidle, S. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of a berenil-dodecanucleotide complex: the role of water in sequence-specific ligand binding. 著者: Brown, D.G. / Sanderson, M.R. / Skelly, J.V. / Jenkins, T.C. / Brown, T. / Garman, E. / Stuart, D.I. / Neidle, S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 24 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-BRN / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 278.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 278 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
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検出器 | タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.5 Å / Num. all: 2195 / Num. obs: 1759 / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.037 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 2195 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Num. measured all: 5762 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 2.5 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.167 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 32 Å2 |