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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d9f | ||||||
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タイトル | Solution structure of RUH-047, an FKBP domain from human cDNA | ||||||
要素 | FK506-binding protein 8 variant | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / FKBP (FKBP) / FK506 binding protein (FKBP) / Rapamycin (ラパマイシン) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuron fate specification / regulation of autophagy of mitochondrion / dorsal/ventral neural tube patterning / protein localization to mitochondrion / positive regulation of BMP signaling pathway / mitochondrial envelope / camera-type eye development / smoothened signaling pathway / 細胞内膜系 / BMP signaling pathway ...neuron fate specification / regulation of autophagy of mitochondrion / dorsal/ventral neural tube patterning / protein localization to mitochondrion / positive regulation of BMP signaling pathway / mitochondrial envelope / camera-type eye development / smoothened signaling pathway / 細胞内膜系 / BMP signaling pathway / protein folding chaperone / negative regulation of protein phosphorylation / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ミトコンドリア / multicellular organism growth / disordered domain specific binding / フォールディング / 遺伝子発現の調節 / calmodulin binding / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / 小胞体 / protein-containing complex / ミトコンドリア / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Ruhul Momen, A.Z.M. / Hirota, H. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of RUH-047, an FKBP domain from human cDNA 著者: Ruhul Momen, A.Z.M. / Hirota, H. / Koshiba, S. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d9f.cif.gz | 766.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d9f.ent.gz | 644 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d9f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/2d9f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14219.016 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 8-129 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / プラスミド: P040614-07 / 参照: GenBank: 62897235, UniProt: Q14318*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.01mM domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl (pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90%H2O, 10%D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM NaCl / pH: 7.0 / 圧: Ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the lowest energy,structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |