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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d92 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the fifth PDZ domain of InaD-like protein | ||||||
![]() | InaD-like protein | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / PDZ domain / InaD-like protein / Inadl protein / hINADL / Pals1-associated tight junction protein / Protein associated to tight junctions / INADL / PATJ / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() tight junction assembly / Tight junction interactions / microtubule organizing center organization / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment of apical/basal cell polarity / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / apical junction complex / centriolar satellite / bicellular tight junction / regulation of microtubule cytoskeleton organization ...tight junction assembly / Tight junction interactions / microtubule organizing center organization / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / establishment of apical/basal cell polarity / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / apical junction complex / centriolar satellite / bicellular tight junction / regulation of microtubule cytoskeleton organization / apical part of cell / cell junction / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
![]() | Inoue, K. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structure of the fifth PDZ domain of InaD-like protein 著者: Inoue, K. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 609.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 510.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 341.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11171.686 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1.43mM U-15N, 13C-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |