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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d8n | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human recoverin at 2.2 A resolution | ||||||
要素 | Recoverin | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of calcium ion transport / phototransduction / photoreceptor outer segment / visual perception / photoreceptor inner segment / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / perikaryon / calcium ion binding / dendrite ...calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of calcium ion transport / phototransduction / photoreceptor outer segment / visual perception / photoreceptor inner segment / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / perikaryon / calcium ion binding / dendrite / signal transduction / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kamo, S. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of human recoverin at 2.2 A resolution 著者: Kamo, S. / Kishishita, S. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d8n.cif.gz | 50.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d8n.ent.gz | 39.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2d8n_validation.pdf.gz | 425.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2d8n_full_validation.pdf.gz | 432.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2d8n_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2d8n_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | In this crystal packing, it looks like monomer. But, there is no experimental evidence. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23913.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell free system / プラスミド: pX050309-02 / 参照: UniProt: P35243 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES-Na pH7.5, 1.2M tri-Sodium Citrate dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9790, 0.9794, 0.964 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月3日 / 詳細: Mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: silicon / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 11968 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.27097 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 23.4162 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 9.35583 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→42.52 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 414363.15 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.8487 Å2 / ksol: 0.37829 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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