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- PDB-2d7f: Crystal structure of A lectin from canavalia gladiata seeds compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d7f
タイトルCrystal structure of A lectin from canavalia gladiata seeds complexed with alpha-methyl-mannoside and alpha-aminobutyric acid
要素Concanavalin A
キーワードPLANT PROTEIN / Lectin / nonprotein amino acid / Diocleinae
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / monosaccharide binding / D-mannose binding / positive regulation of cell division / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / methyl alpha-D-mannopyranoside / : / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia gladiata (タテハキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Souza, E.P. / Freitas, B.T. / Moreno, F.B.B.M. / Sampaio, A.H. / Azevedo Jr., W.F. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of a lectin from Canavalia gladiata seeds: new structural insights for old molecules
著者: Delatorre, P. / Rocha, B.A.M. / Souza, E.P. / Oliveira, T.M. / Bezerra, G.A. / Moreno, F.B.M.B. / Freitas, B.T. / Santi-Gadelha, T. / Sampaio, A.H. / Azevedo Jr., W.F. / Cavada, B.S.
履歴
登録2005年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年11月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_src_nat / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.ref_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin A
F: Concanavalin A
L: Concanavalin A
S: Concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,82320
ポリマ－102,2534
非ポリマー1,56916
水3,315184
1
A: Concanavalin A
S: Concanavalin A
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
S: Concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,82320
ポリマ－102,2534
非ポリマー1,56916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
2
F: Concanavalin A
L: Concanavalin A
ヘテロ分子

F: Concanavalin A
L: Concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,82320
ポリマ－102,2534
非ポリマー1,56916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)100.915, 115.754, 241.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-943-

HOH

21L-971-

HOH

31S-1075-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AFLS

#1: タンパク質
Concanavalin A / lectin / Con A


分子量: 25563.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia gladiata (タテハキ) / 参照: UniProt: P14894
#2: 糖
ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside / メチルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 196分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-DBB / D-ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID / (R)-2-アミノ酪酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 103.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: ammonium sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.43 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.43 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.309→51.988 Å / Num. obs: 61808 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル解像度: 2.31→2.41 Å / Rmerge(I) obs: 0.354 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→9.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.457 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22683 3097 5.1 %RANDOM
Rwork0.17964 ---
obs0.18206 57826 99.22 %-
all-61808 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.044 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→9.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7220 0 88 184 7492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0227464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3631.93610172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.066315216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2375944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63424.872312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.106151148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2771524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.21176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.21618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.27310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.23697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1120.24954
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1110.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2120.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3121.54825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2911.51936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.19627660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.90932989
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3854.52512
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.367 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 209 -
Rwork0.243 3648 -
obs--89.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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