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万見
- PDB-2d73: Crystal Structure Analysis of SusB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d73
タイトルCrystal Structure Analysis of SusB
要素alpha-glucosidase SusB
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase family 97 / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan 1,4-alpha-glucosidase / alpha-1,4-glucosidase activity / glucan 1,4-alpha-glucosidase activity / starch catabolic process / carbohydrate binding / periplasmic space / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl-hydrolase 97, catalytic domain / Glycosyl-hydrolase 97, C-terminal oligomerisation domain / Glycosyl-hydrolase 97, N-terminal domain / : / Glycoside hydrolase 97 / Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal / Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 ...Glycosyl-hydrolase 97, catalytic domain / Glycosyl-hydrolase 97, C-terminal oligomerisation domain / Glycosyl-hydrolase 97, N-terminal domain / : / Glycoside hydrolase 97 / Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal / Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Golgi alpha-mannosidase II / Distorted Sandwich / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glucan 1,4-alpha-glucosidase SusB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kitamura, M. / Yao, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural and functional analysis of a glycoside hydrolase family 97 enzyme from Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Kitamura, M. / Okuyama, M. / Tanzawa, F. / Mori, H. / Kitago, Y. / Watanabe, N. / Kimura, A. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2005年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-glucosidase SusB
B: alpha-glucosidase SusB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,9174
ポリマ－168,8372
非ポリマー802
水25,6171422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area50010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.634, 112.340, 102.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 alpha-glucosidase SusB


分子量: 84418.562 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 22-738 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
生物種: Bacteroides thetaiotaomicron / 株: Resseta (DE3) / 遺伝子: SusB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 29341018, UniProt: G8JZS4*PLUS, alpha-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG 8000, 0.1M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 235939 / Num. obs: 235939 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 18.752
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 3.087 / Num. unique all: 22520 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 21895 -RAMDOM
Rwork0.177 ---
all-220497 --
obs-220497 89.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.9583 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.502 Å20 Å22.333 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---4.073 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11568 0 2 1422 12992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004992
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38321
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d24.79436
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d0.78197
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2704 2212 -
Rwork0.2462 --
obs-21530 97.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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