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万見
- PDB-2d6c: Crystal structure of myoglobin reconstituted with iron porphycene -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d6c
タイトルCrystal structure of myoglobin reconstituted with iron porphycene
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / MYOGLOBIN / HEMOPROTEIN / PORPHYCENE / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PORPHYCENE CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Hayashi, T. / Murata, D. / Makino, M. / Sugimoto, H. / Matsuo, T. / Sato, H. / Shiro, Y. / Hisaeda, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure and peroxidase activity of myoglobin reconstituted with iron porphycene
著者: Hayashi, T. / Murata, D. / Makino, M. / Sugimoto, H. / Matsuo, T. / Sato, H. / Shiro, Y. / Hisaeda, Y.
履歴
登録2005年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
B: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8496
ポリマ－34,4702
非ポリマー1,3794
水4,053225
1
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9253
ポリマ－17,2351
非ポリマー6902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9253
ポリマ－17,2351
非ポリマー6902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.533, 79.902, 54.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17234.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Physeter catodon (マッコウクジラ) / 組織: Skeletal Muscle / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HME / PORPHYCENE CONTAINING FE


分子量: 620.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H36FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.0M ammonium sulfate, 0.1M Imidazole pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月10日 / 詳細: SI(III) MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 15759 / Num. obs: 15759 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / Num. unique all: 1515 / Rsym value: 0.275 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A6K

1a6k


解像度: 2.26→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 658343.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 795 5.1 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.251 15728 97.6 %-
all-15759 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.6565 Å2 / ksol: 0.356435 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.31 Å20 Å2-6.93 Å2
2--4.03 Å20 Å2
3---0.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2435 0 96 225 2756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.181.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.792.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 116 4.8 %
Rwork0.294 2307 -
obs-2307 90.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ppc.paramppc.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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