PDB-2d56: Solution Structure of ASABF, Antibacterial Peptide Isolated from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d56

タイトル

Solution Structure of ASABF, Antibacterial Peptide Isolated from a Nematode, Ascaris Suum

要素

ASABF

キーワード

ANTIBIOTIC / ANTIBACTERIAL PEPTIDE / CYSTINE STABILIZED ALPHA-BETA MOTIF

機能・相同性

Antibacterial factor-related peptide / Antibacterial factor-related peptide / Antibacterial factor-related peptide superfamily / Nematode antimicrobial peptide / defense response to other organism / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ASABF

機能・相同性情報

生物種

Ascaris suum (かいちゅう)

手法

溶液NMR

データ登録者

Nakano, M. / Aizawa, T. / Kamiya, M. / Miura, K. / Kumaki, Y. / Demura, M. / Tsuda, S. / Kawano, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure and function of ASABFd18c, antibacterial peptide isolated from a nematode, asucaris suum
著者: Nakano, M. / Aizawa, T. / Kamiya, M. / Miura, K. / Hoshino, H. / Miyazawa, M. / Kato, Y. / Kumaki, Y. / Demura, M. / Tsuda, S. / Kawano, K. / Nitta, K.

履歴

登録	2005年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d56.cif.gz	296.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d56.ent.gz	247 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/2d56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/2d56	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3eun-d 5zc4-1 3kur-6 1byo-2 5ki7-d 6czi-2 5zc4-2 5hvc-d 3qdp-d 1ego-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ASABF

5.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	ASABF / Antibacterial Peptide 分子量: 5605.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / プラスミド: pPIC3 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: P90683
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	2D TOCSY
1	4	1	2D NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2mM ASABFd18c, 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O, 10% D2O, pH 4.0
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	1
Varian UNITY	Varian	UNITY	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	Brunger	構造決定
CNS	1.1	Brunger	精密化

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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