[日本語] English
万見
- PDB-2d4r: Crystal structure of TTHA0849 from Thermus thermophilus HB8 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d4r
タイトルCrystal structure of TTHA0849 from Thermus thermophilus HB8
要素hypothetical protein TTHA0849
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / START DOMAIN / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性Coenzyme Q-binding protein COQ10, START domain / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Coenzyme Q-binding protein COQ10 START domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nakabayashi, M. / Shibata, N. / Kuramitsu, S. / Higuchi, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Structure of a conserved hypothetical protein, TTHA0849 from Thermus thermophilus HB8, at 2.4 A resolution: a putative member of the StAR-related lipid-transfer (START) domain superfamily.
著者: Nakabayashi, M. / Shibata, N. / Komori, H. / Ueda, Y. / Iino, H. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Higuchi, Y.
履歴
登録2005年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TTHA0849
B: hypothetical protein TTHA0849
C: hypothetical protein TTHA0849
D: hypothetical protein TTHA0849
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0895
ポリマ－68,9934
非ポリマー961
水6,774376
1
A: hypothetical protein TTHA0849


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2481
ポリマ－17,2481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein TTHA0849


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2481
ポリマ－17,2481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: hypothetical protein TTHA0849
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3442
ポリマ－17,2481
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: hypothetical protein TTHA0849


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2481
ポリマ－17,2481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
B: hypothetical protein TTHA0849
C: hypothetical protein TTHA0849
ヘテロ分子

A: hypothetical protein TTHA0849
D: hypothetical protein TTHA0849


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0895
ポリマ－68,9934
非ポリマー961
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_475x-1/2,-y+5/2,-z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area27260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.300, 86.490, 109.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
hypothetical protein TTHA0849


分子量: 17248.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q5SK03
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93256 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.353859 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 25% PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M CHES, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97911, 0.97940, 0.90000
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月26日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979111
20.97941
30.91
反射解像度: 2.4→46.28 Å / Num. all: 38812 / Num. obs: 38812 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→46.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 250711.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 3785 9.8 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 38666 95.7 %-
all-38666 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 74.0206 Å2 / ksol: 0.393184 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.94 Å20 Å20 Å2
2---5.23 Å20 Å2
3----5.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4785 0 5 376 5166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 391 9.9 %
Rwork0.249 3553 -
obs--98.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る