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万見
- PDB-2d4c: Crystal structure of the endophilin BAR domain mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d4c
タイトルCrystal structure of the endophilin BAR domain mutant
要素SH3-containing GRB2-like protein 2
キーワードTRANSFERASE / BAR domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of blood-brain barrier permeability / dendrite extension / Retrograde neurotrophin signalling / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Recycling pathway of L1 / negative regulation of MAPK cascade / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / MHC class II antigen presentation ...negative regulation of blood-brain barrier permeability / dendrite extension / Retrograde neurotrophin signalling / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Recycling pathway of L1 / negative regulation of MAPK cascade / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / MHC class II antigen presentation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / central nervous system development / cell projection / EGFR downregulation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Negative regulation of MET activity / endocytosis / neuron projection development / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / early endosome / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / lipid binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endophilin-A, SH3 domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / : / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 ...Endophilin-A, SH3 domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / : / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Masuda, M. / Takeda, S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Endophilin BAR domain drives membrane curvature by two newly identified structure-based mechanisms
著者: Masuda, M. / Takeda, S. / Sone, M. / Ohki, T. / Mori, H. / Kamioka, Y. / Mochizuki, N.
履歴
登録2005年10月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3-containing GRB2-like protein 2
B: SH3-containing GRB2-like protein 2
C: SH3-containing GRB2-like protein 2
D: SH3-containing GRB2-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,2655
ポリマ－116,2254
非ポリマー401
水3,549197
1
A: SH3-containing GRB2-like protein 2
B: SH3-containing GRB2-like protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1533
ポリマ－58,1122
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area23620 Å2
手法PISA
2
C: SH3-containing GRB2-like protein 2
D: SH3-containing GRB2-like protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1122
ポリマ－58,1122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.344, 212.217, 54.317
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
SH3-containing GRB2-like protein 2 / SH3 domain protein 2A / Endophilin 1 / EEN-B1


分子量: 29056.242 Da / 分子数: 4 / 断片: endophilin A1 BAR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6p3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10-Gold
参照: UniProt: Q99962, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 100mM HEPES, 200mM calcium acetate, 10mM DTT, 20% PEG3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 38763 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Num. unique all: 3673 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1X03

1x03


解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1919 -random
Rwork0.215 ---
all0.217 38778 --
obs0.217 38523 99.3 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7204 0 1 197 7402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0051
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.9589
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 179 -
Rwork0.27 --
obs-3673 93.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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