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- PDB-2d3q: Crystal Structure of a Decolorizing Peroxidase (DyP) That Catalys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d3q
タイトルCrystal Structure of a Decolorizing Peroxidase (DyP) That Catalyses the Biological Oxidation of Anthraquinone Derivatives
要素Decolorizing Peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / strands and helix
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / DyP dimeric alpha+beta barrel domain / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / DyP
類似検索 - 構成要素
生物種Bjerkandera adusta (ヤケイロタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sato, T. / Sugano, Y. / Shoda, M.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2011
タイトル: The catalytic mechanism of dye-decolorizing peroxidase DyP may require the swinging movement of an aspartic acid residue
著者: Yoshida, T. / Tsuge, H. / Konno, H. / Hisabori, T. / Sugano, Y.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: A unique dye-decolorizing peroxidase, DyP, from Thanatephorus cucumeris Dec 1: heterologous expression, crystallization and preliminary X-ray analysis
著者: Sato, T. / Hara, S. / Matsui, T. / Sazaki, G. / Saijo, S. / Ganbe, T. / Tanaka, N. / Sugano, Y. / Shoda, M.
履歴
登録2005年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年10月26日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decolorizing Peroxidase
B: Decolorizing Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,2284
ポリマ－94,9952
非ポリマー1,2332
水19811
1
A: Decolorizing Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1142
ポリマ－47,4971
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Decolorizing Peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1142
ポリマ－47,4971
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.212, 136.212, 363.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Decolorizing Peroxidase / DyP


分子量: 47497.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bjerkandera adusta (ヤケイロタケ)
プラスミド: pT-92 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: GenBank: 4760440, UniProt: Q8WZK8*PLUS, dye decolorizing peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.79 %
結晶化温度: 283 K / 手法: small tubes / pH: 4.2
詳細: 0.89M (NH4)2SO4, 0.92M NaCl, pH 4.2, SMALL TUBES, temperature 283K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B11.7
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A21
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.71
211
反射解像度: 2.25→25 Å / Num. obs: 89434 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / % possible all: 68.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
TRUNCATEデータ削減
MLPHARE位相決定
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→25 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.267 4859 RANDOM
Rwork0.234 --
obs0.265 42563 -
all-47422 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6676 0 86 11 6773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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