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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d3k | ||||||
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タイトル | Structural study on Project ID PH1539 from Pyrococcus horikoshii OT3 | ||||||
要素 | Peptidyl-tRNA hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of anoikis / peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / negative regulation of anoikis / translation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Shimizu, K. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008 タイトル: Structure of peptidyl-tRNA hydrolase 2 from Pyrococcus horikoshii OT3: insight into the functional role of its dimeric state. 著者: Shimizu, K. / Kuroishi, C. / Sugahara, M. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d3k.cif.gz | 64.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d3k.ent.gz | 47.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d3k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2d3k_validation.pdf.gz | 431.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2d3k_full_validation.pdf.gz | 434.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2d3k_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2d3k_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/2d3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/2d3k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13398.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET 11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O74017, peptidyl-tRNA hydrolase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbach / pH: 6 詳細: PEG 8K 10w/v(%), MES 0.1M, Zn Acetate 0.2M, pH 6, Microbach, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月5日 |
放射 | モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 19146 / Num. obs: 19146 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 4.37 / Rsym value: 0.411 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1WN2 解像度: 1.9→32.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1393569.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.1776 Å2 / ksol: 0.394055 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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