PDB-2d2x: Crystal structure of 2-deoxy-scyllo-inosose synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d2x

タイトル

Crystal structure of 2-deoxy-scyllo-inosose synthase

要素

2-deoxy-scyllo-inosose synthase

キーワード

LYASE / aminoglycoside / 2-deoxystreptamine / dehydroquinate synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-deoxy-scyllo-inosose synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus circulans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Nango, E. / Kumasaka, T. / Tanaka, N. / Kakinuma, K. / Eguchi, T.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure of 2-deoxy-scyllo-inosose synthase, a key enzyme in the biosynthesis of 2-deoxystreptamine-containing aminoglycoside antibiotics, in complex with a mechanism-based inhibitor and NAD+
著者: Nango, E. / Kumasaka, T. / Hirayama, T. / Tanaka, N. / Eguchi, T.

履歴

登録	2005年9月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d2x.cif.gz	150.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d2x.ent.gz	123.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/2d2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/2d2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gruC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lk2-1 6lla-1 6lla-2 4nmj-3 6lk2-2 6aeo-1 4go3-1 1kol-d 3v83-4 2gru-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-deoxy-scyllo-inosose synthase

B: 2-deoxy-scyllo-inosose synthase

ヘテロ分子

82.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.510, 70.350, 82.984
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	2-deoxy-scyllo-inosose synthase 分子量: 40792.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / プラスミド: PET30B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9S5E2, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; リン酸基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン分子量: 80.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 40%(w/v) PEG 4000, 200mM Li2SO4, 100mM Tris-HCl, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→24.77 Å / Num. all: 36626 / Num. obs: 36626 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
CNS	1.1	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.3→24.77 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.228	1819	RANDOM
R_work	0.191	-	-
all	0.207	36568	-
obs	0.207	36568	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5471	0	30	386	5887

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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