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- PDB-2d28: Structure of the N-terminal domain of XpsE (crystal form P43212) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d28
タイトルStructure of the N-terminal domain of XpsE (crystal form P43212)
要素type II secretion ATPase XpsE
キーワードPROTEIN TRANSPORT / alpha-beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-exporting ATPase activity / protein-secreting ATPase / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 - #70 / Type II secretion system, protein E, N-terminal domain / Type II secretion system protein GspE / Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 ...Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 - #70 / Type II secretion system, protein E, N-terminal domain / Type II secretion system protein GspE / Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Type II secretion system protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chen, Y. / Shiue, S.-J. / Huang, C.-W. / Chang, J.-L. / Chien, Y.-L. / Hu, N.-T. / Chan, N.-L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure and Function of the XpsE N-Terminal Domain, an Essential Component of the Xanthomonas campestris Type II Secretion System
著者: Chen, Y. / Shiue, S.-J. / Huang, C.-W. / Chang, J.-L. / Chien, Y.-L. / Hu, N.-T. / Chan, N.-L.
履歴
登録2005年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: type II secretion ATPase XpsE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0812
ポリマ－16,9441
非ポリマー1371
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.914, 55.914, 104.813
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 type II secretion ATPase XpsE / XpsE


分子量: 16943.967 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 変異: L26V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア)
遺伝子: xpsE / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P31742
#2: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: magnesium acetate, sodium cacodylate pH 6.5, PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 0.9537, 0.97990, 0.97980
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
20.97991
30.97981
反射解像度: 2→28 Å / Num. obs: 12460 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.09 / Num. unique all: 1161 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 3.28 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 570 4.8 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.192 12460 --
obs0.192 11783 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.385 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1136 0 5 152 1293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0211155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.17521560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03532577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.2735141
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.21308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3790.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3420.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4281.5711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50721131
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6573444
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.554.5429
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.289 49
Rwork0.15 807
all-856

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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