PDB-2d1l: Structure of F-actin binding domain IMD of MIM (Missing In Metastasis)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d1l

タイトル

Structure of F-actin binding domain IMD of MIM (Missing In Metastasis)

要素

Metastasis suppressor protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / irsp53 / actin binding / IMD

機能・相同性

機能・相同性情報

metanephric tubule development / nephron tubule epithelial cell differentiation / glomerulus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / adherens junction maintenance / renal tubule morphogenesis / magnesium ion homeostasis / plasma membrane organization / positive regulation of actin filament bundle assembly / cellular response to fluid shear stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Lee, S.H. / Kerff, F. / Chereau, D. / Ferron, F. / Dominguez, R.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural basis for the actin-binding function of missing-in-metastasis
著者: Lee, S.H. / Kerff, F. / Chereau, D. / Ferron, F. / Klug, A. / Dominguez, R.

履歴

登録	2005年8月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d1l.cif.gz	120.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d1l.ent.gz	96.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/2d1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/2d1l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d1kC 1y2o C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wdz-d 1y2o-d 4mtx-d 2ykt-1 1nkn-d 3vp9-1 4nqi-2 3ok8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Metastasis suppressor protein 1

B: Metastasis suppressor protein 1

58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.503, 37.319, 129.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

the biological assembly is the dimer found in the asymetric unit

#1: タンパク質	Metastasis suppressor protein 1 / MIM / Missing in metastasis protein 分子量: 28988.959 Da / 分子数: 2 / 断片: IMD domain (residues 1-250) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mtss1 / プラスミド: pTYB12 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8R1S4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: lithium chloride, PEG2000 MME, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.97908, 1.0

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月27日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97908	1
2	1	1

反射

解像度: 1.85→48.1 Å / Num. all: 43473 / Num. obs: 43473 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 30.4

反射シェル

解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3873 / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定
SOLVE		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→48.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 6.292 / SU ML: 0.097 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22829	2197	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18344	-	-	-
obs	0.18577	41282	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.804 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.42 Å²	0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	1.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3792	0	0	392	4184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4083
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.127	1.977	5521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.086	5	544
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.685	24.894	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.279	15	876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.493	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.3	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.5	2877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.271	0.5	541
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.3	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.233	0.5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.27	2	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.014	3	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.108	2	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.514	3	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	155	-
R_work	0.249	2619	-
obs	-	2774	86.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.4014	6.1543	9.4076	22.238	10.1675	27.2535	-2.3338	2.3244	-0.4015	-1.2947	-0.5783	-0.1325	0.7767	-0.1245	2.9121	0.2408	-0.0584	0.621	0.5907	-0.113	0.2568	2.121	6.162	-7.779
2	3.9279	-0.5006	4.0067	0.1115	-1.0667	10.5675	0.0111	0.9321	0.1331	-0.1267	-0.0918	-0.0976	0.0392	0.455	0.0807	-0.0241	-0.0014	0.0018	0.4064	-0.0108	-0.1949	13.799	6.977	14.806
3	1.225	0.659	0.9609	0.4616	0.6702	2.6716	0.05	0.1782	-0.005	0.0754	-0.0344	-0.025	0.0505	-0.0377	-0.0156	-0.0599	0.009	0	-0.0268	-0.0257	-0.0307	23.926	6.441	44.016
4	0.9477	-0.0464	0.4328	0.3253	0.5474	1.5076	0.016	-0.0488	0.027	-0.036	0.0042	-0.0062	-0.02	-0.0878	-0.0201	-0.0476	-0.0095	0.0082	-0.0728	0.0048	-0.011	33.683	18.419	73.275
5	9.7938	0.8595	1.4688	0.7687	1.7986	5.3449	0.1022	-0.6066	1.1393	-0.2078	0.0796	0.1792	-0.5445	0.3758	-0.1818	0.0314	-0.0743	0.0453	0.1095	-0.1635	0.0572	45.328	29.313	92.483
6	27.8026	-4.3742	-5.4719	74.3715	-26.9526	89.4629	-0.7001	-0.4398	-1.3305	-1.5686	-0.5108	-0.8431	0.3081	2.6525	1.2109	0.2691	-0.0307	-0.0134	0.3254	-0.0761	0.3882	64.39	25.361	134.473
7	4.2518	1.3581	-1.4103	3.6204	-2.0379	9.1532	0.4161	-1.7196	0.2019	0.8762	-0.5551	-0.0921	-0.7801	1.1299	0.139	0.1426	-0.3017	-0.0417	0.8078	-0.0876	-0.1527	57.639	22.009	112.977
8	1.3667	0.3301	-0.1236	0.0801	-0.0076	1.2792	0.0811	-0.2603	-0.0919	-0.023	-0.0321	-0.0008	0.0654	0.1571	-0.0491	-0.0356	-0.0046	-0.0226	-0.015	0.0115	0.0261	49.941	15.909	83.852
9	1.0549	0.3245	1.1641	0.3888	0.4908	1.7078	0.0212	0.1659	0.0627	-0.0437	-0.0065	-0.0833	-0.1153	0.1135	-0.0147	-0.0439	0.0035	0.0182	-0.0499	0.017	0.001	36.713	17.535	53.762
10	8.0074	1.241	1.9562	2.9122	3.1753	5.5614	-0.0371	0.4125	0.4589	-0.6898	-0.1992	0.2746	-0.9238	0.0812	0.2363	0.0658	0.0863	-0.0611	-0.0059	0.0746	-0.0545	22.448	18.631	35.148

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	142 - 172	145 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	-2 - 18	1 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	173 - 191	176 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	122 - 141	125 - 144
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	19 - 41	22 - 44
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	100 - 121	103 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	192 - 211	195 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	42 - 64	45 - 67
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	76 - 99	79 - 102
10	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	212 - 232	215 - 235
11	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	233 - 246	236 - 249
12	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	65 - 75	68 - 78
13	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	142 - 172	145 - 175
14	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	-2 - 18	1 - 21
15	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	173 - 191	176 - 194
16	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	122 - 141	125 - 144
17	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	19 - 41	22 - 44
18	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	100 - 121	103 - 124
19	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	192 - 211	195 - 214
20	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	42 - 64	45 - 67
21	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	76 - 99	79 - 102
22	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	212 - 232	215 - 235
23	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	233 - 242	236 - 245
24	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	65 - 75	68 - 78

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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