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- PDB-2d1k: Ternary complex of the WH2 domain of mim with actin-dnase I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d1k
タイトルTernary complex of the WH2 domain of mim with actin-dnase I
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle
  • Deoxyribonuclease-1
  • Metastasis suppressor protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / WASP / WIP / WH2 / ACTIN / DNASE I
機能・相同性
機能・相同性情報


nephron tubule epithelial cell differentiation / glomerulus morphogenesis / regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / zymogen granule / adherens junction maintenance / regulation of acute inflammatory response / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / renal tubule morphogenesis / deoxyribonuclease I / plasma membrane organization ...nephron tubule epithelial cell differentiation / glomerulus morphogenesis / regulation of neutrophil mediated cytotoxicity / zymogen granule / adherens junction maintenance / regulation of acute inflammatory response / epithelial cell proliferation involved in renal tubule morphogenesis / renal tubule morphogenesis / deoxyribonuclease I / plasma membrane organization / deoxyribonuclease I activity / positive regulation of actin filament bundle assembly / microspike assembly / neutrophil activation involved in immune response / cellular response to fluid shear stress / DNA catabolic process / cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / endocytic vesicle / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / ruffle / actin filament polymerization / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / actin filament / filopodium / phospholipid binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / calcium-dependent protein binding / nuclear envelope / actin cytoskeleton / lamellipodium / actin binding / cell body / actin cytoskeleton organization / hydrolase activity / cell adhesion / protein domain specific binding / signaling receptor binding / apoptotic process / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / DNA binding / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
I-BAR domain containing protein MTSS1/MTSS2 / IMD/I-BAR domain / IRSp53/MIM homology domain / IMD domain profile. / Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I ...I-BAR domain containing protein MTSS1/MTSS2 / IMD/I-BAR domain / IRSp53/MIM homology domain / IMD domain profile. / Deoxyribonuclease I / Deoxyribonuclease I, active site / Deoxyribonuclease I, conservied site / Deoxyribonuclease I signature 2. / Deoxyribonuclease I signature 1. / deoxyribonuclease I / Actin; Chain A, domain 2 / WH2 motif / Actin; Chain A, domain 2 / WH2 domain profile. / WH2 domain / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / AH/BAR domain superfamily / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / 4-Layer Sandwich / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Protein MTSS 1 / Deoxyribonuclease-1 / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chereau, D. / Kerff, F. / Dominguez, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural basis for the actin-binding function of missing-in-metastasis
著者: Lee, S.H. / Kerff, F. / Chereau, D. / Ferron, F. / Klug, A. / Dominguez, R.
履歴
登録2005年8月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
B: Deoxyribonuclease-1
C: Metastasis suppressor protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7778
ポリマ－74,5793
非ポリマー1,1985
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6610 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area27140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.093, 75.487, 228.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin 1


分子量: 41875.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質 Deoxyribonuclease-1 / Deoxyribonuclease I / DNase I


分子量: 29092.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: pancreas / 参照: UniProt: P00639, deoxyribonuclease I

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Metastasis suppressor protein 1 / MIM / Missing in metastasis protein / Metastasis suppressor YGL-1


分子量: 3611.075 Da / 分子数: 1 / Fragment: WH2 Domain (residues 724-755) / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide. This sequence occurs naturally in homo sapiens (humans)
参照: UniProt: O43312
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 107分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium formate, PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41.4 Å / Num. all: 23598 / Num. obs: 23598 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique all: 2069 / % possible all: 80.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2a41

2a41


解像度: 2.5→41.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 26.973 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 1.383 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28412 1165 5 %RANDOM
Rwork0.21712 ---
obs0.22047 22339 89.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.805 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å20 Å2
2---1.31 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5171 0 73 103 5347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225366
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.9757296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5315659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.1223.898236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.47215896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.941535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.22489
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2560.27
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.13223357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.17235333
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.09922263
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.83631962
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 91 -
Rwork0.274 1567 -
obs-1658 87.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.55280.3360.79257.2027-0.46813.9303-0.09810.1878-0.4053-0.41540.18590.38170.4764-0.0811-0.08790.0866-0.1131-0.0728-0.1732-0.16-0.1243-9.9456.346881.026
22.63430.69521.523.16252.77142.7629-0.01380.5119-0.40390.24450.2942-0.3050.3006-0.1682-0.2803-0.0456-0.08310.0064-0.0559-0.17050.03496.401621.142993.0696
32.6516-0.7170.29623.4349-0.17834.37740.26640.5272-0.0088-0.3319-0.20340.4308-0.0104-0.1248-0.0630.3366-0.0496-0.1575-0.0003-0.0443-0.3343-12.239218.83259.7197
43.89990.89670.63576.31560.92290.94560.2550.14370.3602-0.0454-0.322-0.6203-0.08760.24650.0670.5035-0.0585-0.06130.00740.0958-0.4080.416438.151867.7813
51.7736-0.1348-0.15512.03870.75972.0562-0.01880.0924-0.12810.02010.0876-0.0580.09810.0499-0.0687-0.214-0.0075-0.0307-0.1051-0.0915-0.023212.797638.6182108.6423
617.1877-1.4614-2.7972.128-3.00355.69840.88870.3521.87650.8954-1.32372.05880.6906-0.06120.4351-0.0286-0.0829-0.0669-0.0395-0.0707-0.0268-21.090414.782875.6569
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 334 - 33
2X-RAY DIFFRACTION1AA70 - 13770 - 137
3X-RAY DIFFRACTION1AA339 - 374339 - 374
4X-RAY DIFFRACTION2AA34 - 6934 - 69
5X-RAY DIFFRACTION3AA138 - 181138 - 181
6X-RAY DIFFRACTION3AA274 - 338274 - 338
8X-RAY DIFFRACTION4AA182 - 273182 - 273
9X-RAY DIFFRACTION5BB1 - 2601 - 260
10X-RAY DIFFRACTION6CC725 - 7532 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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