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万見
- PDB-2d0p: Structure of diol dehydratase-reactivating factor in nucleotide f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d0p
タイトルStructure of diol dehydratase-reactivating factor in nucleotide free form
要素
  • diol dehydratase-reactivating factor large subunit
  • diol dehydratase-reactivating factor small subunit
キーワードCHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Swiveling domain of dehydratase reactivase alpha subunit / Coenzyme B12-Dependent Enzyme linker domain / Diol dehydratase-reactivating factor large subunit / Diol/glycerol dehydratase reactivating factor, small subunit / Diol dehydratase-reactivating factor, alpha subunit, swiveling domain superfamily / Diol dehydratase reactivase ATPase-like domain / DD-reactivating factor swiveling domain / Diol dehydratase reactivase ATPase-like domain / DD-reactivating factor swiveling domain / Diol/glycerol dehydratase/dehydratase reactivating factor ...Swiveling domain of dehydratase reactivase alpha subunit / Coenzyme B12-Dependent Enzyme linker domain / Diol dehydratase-reactivating factor large subunit / Diol/glycerol dehydratase reactivating factor, small subunit / Diol dehydratase-reactivating factor, alpha subunit, swiveling domain superfamily / Diol dehydratase reactivase ATPase-like domain / DD-reactivating factor swiveling domain / Diol dehydratase reactivase ATPase-like domain / DD-reactivating factor swiveling domain / Diol/glycerol dehydratase/dehydratase reactivating factor / Dehydratase medium subunit / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Ribosomal Protein L22; Chain A / Glucose Oxidase; domain 1 / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleic acid-binding proteins / 3-Layer(bba) Sandwich / ATPase, nucleotide binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Nucleic acid-binding, OB-fold / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Diol dehydratase-reactivating factor large subunit / Diol dehydratase-reactivating factor small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shibata, N. / Mori, K. / Hieda, N. / Higuchi, Y. / Yamanishi, M. / Toraya, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Release of a damaged cofactor from a coenzyme B12-dependent enzyme: X-ray structures of diol dehydratase-reactivating factor
著者: Shibata, N. / Mori, K. / Hieda, N. / Higuchi, Y. / Yamanishi, M. / Toraya, T.
履歴
登録2005年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年9月9日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct ...pdbx_struct_conn_angle / struct / struct_conn / struct_site
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: diol dehydratase-reactivating factor large subunit
B: diol dehydratase-reactivating factor small subunit
C: diol dehydratase-reactivating factor large subunit
D: diol dehydratase-reactivating factor small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,49511
ポリマ－155,9344
非ポリマー5607
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9570 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area57370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.920, 85.370, 296.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 diol dehydratase-reactivating factor large subunit


分子量: 64329.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / プラスミド: pUSI2E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: GenBank: 3115376, UniProt: O68195*PLUS
#2: タンパク質 diol dehydratase-reactivating factor small subunit


分子量: 13637.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / プラスミド: pUSI2E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: GenBank: 3115377, UniProt: O68196*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG400, ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→41 Å / Num. all: 41979 / Num. obs: 41979 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.606 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→40.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 216915.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 4017 10.1 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.238 39661 92.8 %-
all-41911 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.3328 Å2 / ksol: 0.275217 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 84.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.68 Å20 Å20 Å2
2--33.78 Å20 Å2
3----52.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.99 Å0.85 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10629 0 27 33 10689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.095
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.458
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.865
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.5710
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.511 319 9.7 %
Rwork0.46 2982 -
obs--78 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4adp.paramadp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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