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- PDB-2czy: Solution structure of the NRSF/REST-mSin3B PAH1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2czy
タイトルSolution structure of the NRSF/REST-mSin3B PAH1 complex
要素
  • Paired amphipathic helix protein Sin3b
  • transcription factor REST (version 3)
キーワードGENE REGULATION / NRSF / Sin3 / PAH1 / transcriptional repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dense core granule biogenesis / negative regulation of amniotic stem cell differentiation / autosome / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / modification of synaptic structure / Regulation of NPAS4 gene transcription / cellular response to electrical stimulus / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function ...negative regulation of dense core granule biogenesis / negative regulation of amniotic stem cell differentiation / autosome / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / modification of synaptic structure / Regulation of NPAS4 gene transcription / cellular response to electrical stimulus / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / cardiac muscle cell myoblast differentiation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuronal stem cell population maintenance / NGF-stimulated transcription / XY body / nervous system process / auditory receptor cell stereocilium organization / positive regulation of programmed cell death / cellular response to glucocorticoid stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cardiac muscle tissue development / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / Y chromosome / : / positive regulation of stem cell population maintenance / X chromosome / Sin3-type complex / somatic stem cell population maintenance / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of cell cycle / negative regulation of neuron differentiation / negative regulation by host of viral transcription / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of insulin secretion / hematopoietic progenitor cell differentiation / skeletal muscle tissue development / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of cell migration / Regulation of PTEN gene transcription / response to ischemia / HDACs deacetylate histones / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of neurogenesis / transcription corepressor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Paired amphipathic helix / : / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix ...Paired amphipathic helix / : / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RE1-silencing transcription factor / Paired amphipathic helix protein Sin3b
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nomura, M. / Uda-Tochio, H. / Murai, K. / Mori, N. / Nishimura, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Neural Repressor NRSF/REST Binds the PAH1 Domain of the Sin3 Corepressor by Using its Distinct Short Hydrophobic Helix
著者: Nomura, M. / Uda-Tochio, H. / Murai, K. / Mori, N. / Nishimura, Y.
履歴
登録2005年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Paired amphipathic helix protein Sin3b
B: transcription factor REST (version 3)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3542
ポリマ－10,3542
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Paired amphipathic helix protein Sin3b / Sin3B / Transcriptional corepressor Sin3b / Histone deacetylase complex subunit Sin3b


分子量: 8813.080 Da / 分子数: 1 / 断片: PAH1 domain (residues 31-107) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sin3B / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q62141
#2: タンパク質・ペプチド transcription factor REST (version 3) / NRSF/REST


分子量: 1540.822 Da / 分子数: 1 / 断片: Sin3 interaction domain (residues 43-57) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 参照: UniProt: Q13127

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1212D X-filtered NOESY
131HNHA
1423D 13C-separated NOESY
1522D X-filtered NOESY
1623D 13C-filtered 13C-edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-0.8mM PAH1 U-15N,13C; 0.5-0.8mM SID; 20mM potassium phosphate buffer95% H2O/5% D2O
20.5-0.8mM PAH1 U-15N,13C; 0.5-0.8mM SID; 20mM potassium phosphate buffer100% D2O
試料状態イオン強度: 20mM potassium phosphate / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger精密化
NMRPipe2004Delaglio解析
NMRView5.0.4Johnsonデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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